最近微信群有小伙伴拋出這樣一張圖，是一個細胞通訊LR氣泡圖，確切的說應該是Cellchat結果的可視化。我一看這不就是用Cellchat做的嘛。...
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復現SCI圖表：Cellchat多組結果受配體結果氣泡圖可視化 -
scRNA-Seq | pySCENIC組織內細胞異質性的基礎是細胞轉錄狀態(tài)的差異，轉錄狀態(tài)的特異性又是由轉錄因子主導的基因調控網絡（GRNs）決定并維持穩(wěn)定的。因此分析單細胞的GRN...
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單細胞轉錄組GSVA分析更新及可視化很久以前，我們在寫單細胞分析的時候，就寫過GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能夠分析基...
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pySCENIC單細胞轉錄因子分析更新：數據庫、軟件更新****pySCENIC全部往期精彩系列：1、[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==...
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Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯 最近在學習Seurat教程（Seurat版本3.0.2），發(fā)現運行到倒數第二步做熱圖展示mark...
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定量免疫浸潤在單細胞研究中的應用最近聽說定量免疫浸潤很火，于是我也報名參加了果子老師的課程，跑了幾個R包，你比如說xCell啊，GSVA啊，MCPcounter啊，Consen...
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基因表達趨勢分析-1：TCseqTCseq包可以應用于轉錄組，單細胞轉錄組，ATAC-seq，Chip-seq等的表觀基因組時序型數據分析。該包主要用于不同時間點的差異分析，時...
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loom文件的生成
在單細胞測序的軌跡推斷[http://www.itdecent.cn/p/83c532234dc0]中，我們介紹了RNA速率分析的原理，進行速...
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單細胞分析之細胞注釋-1：AzimuthAzimuth：使用錨點整合的方法對單細胞類型進行預測，可以用于手動細胞注釋結果的參考參考網站：https://satijalab.org/se...
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Seurat繪圖函數總結（更新版）更多重要函數見：Seurat重要命令匯總[http://www.itdecent.cn/p/104f9290af8b] Seurat繪圖函數總...
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