最近微信群有小伙伴拋出這樣一張圖,是一個細胞通訊LR氣泡圖,確切的說應該是Cellchat結果的可視化。我一看這不就是用Cellchat做的嘛。...
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最近微信群有小伙伴拋出這樣一張圖,是一個細胞通訊LR氣泡圖,確切的說應該是Cellchat結果的可視化。我一看這不就是用Cellchat做的嘛。...
組織內細胞異質性的基礎是細胞轉錄狀態(tài)的差異,轉錄狀態(tài)的特異性又是由轉錄因子主導的基因調控網絡(GRNs)決定并維持穩(wěn)定的。因此分析單細胞的GRN...
很久以前,我們在寫單細胞分析的時候,就寫過GSVA分析了,GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis,能夠分析基...
****pySCENIC全部往期精彩系列:1、[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==...
Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯 最近在學習Seurat教程(Seurat版本3.0.2),發(fā)現運行到倒數第二步做熱圖展示mark...
最近聽說定量免疫浸潤很火,于是我也報名參加了果子老師的課程,跑了幾個R包,你比如說xCell啊,GSVA啊,MCPcounter啊,Consen...
TCseq包可以應用于轉錄組,單細胞轉錄組,ATAC-seq,Chip-seq等的表觀基因組時序型數據分析。該包主要用于不同時間點的差異分析,時...
在單細胞測序的軌跡推斷[http://www.itdecent.cn/p/83c532234dc0]中,我們介紹了RNA速率分析的原理,進行速...
Azimuth:使用錨點整合的方法對單細胞類型進行預測,可以用于手動細胞注釋結果的參考參考網站:https://satijalab.org/se...
更多重要函數見:Seurat重要命令匯總[http://www.itdecent.cn/p/104f9290af8b] Seurat繪圖函數總...