劉小澤寫于2020.5.15相信你看到這個(gè)問題,可能感覺很簡(jiǎn)單,不就一個(gè)參數(shù)的問題嗎?下面來看探索(全程是基于pheatmap來做的) 首先構(gòu)建...
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劉小澤寫于2020.5.15相信你看到這個(gè)問題,可能感覺很簡(jiǎn)單,不就一個(gè)參數(shù)的問題嗎?下面來看探索(全程是基于pheatmap來做的) 首先構(gòu)建...
satijalabsctransform包的github網(wǎng)址:https://github.com/ChristophH/sctransform...
劉小澤寫于19.9.10高變異基因就是highly variable features(HVGs),就是在細(xì)胞與細(xì)胞間進(jìn)行比較,選擇表達(dá)量差別最...
10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率(符合泊松分布1): 根據(jù)Poisson分布,單個(gè)液滴包含超過一個(gè)細(xì)胞(doublets或multiplets)的頻率隨著上...
練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號(hào):GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven ...
前言 作者開發(fā)Scissor的目的是結(jié)合bulk-seq的數(shù)據(jù),尋找與某一性狀顯著相關(guān)的單細(xì)胞亞群,然后從表型的角度解釋這些細(xì)胞亞群的生物學(xué)意義...
適用背景 在單細(xì)胞分析中,必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋,這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽,或者說起個(gè)別名,這些信息都存在@meta.data信息里,...
在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻(xiàn)的時(shí)候看到計(jì)算免疫細(xì)胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的Ad...
1.使用clusterProfiler包進(jìn)行GO富集分析使用clusterProfiler的enrichGO函數(shù)來獲取GO分析 gene就是差異...
WGCNA分析基于兩個(gè)假設(shè):1.相似表達(dá)模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路,2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無尺度分布?;谶@兩點(diǎn),可以將基因網(wǎng)絡(luò)...