劉小澤寫于2020.5.15相信你看到這個(gè)問題，可能感覺很簡(jiǎn)單，不就一個(gè)參數(shù)的問題嗎？下面來看探索（全程是基于pheatmap來做的） 首先構(gòu)建...
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熱圖如何去掉聚類樹的同時(shí)保留聚類的順序？ -
seurat-SCTransform()解析-01satijalabsctransform包的github網(wǎng)址：https://github.com/ChristophH/sctransform...
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幾個(gè)scRNA找高變異基因（HVGs）的方法劉小澤寫于19.9.10高變異基因就是highly variable features（HVGs），就是在細(xì)胞與細(xì)胞間進(jìn)行比較，選擇表達(dá)量差別最...
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scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布，單個(gè)液滴包含超過一個(gè)細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上...
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多個(gè)10x單細(xì)胞對(duì)象的合并和批次校正--seurat錨點(diǎn)整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號(hào)：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven ...
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Scissor：聯(lián)合表型數(shù)據(jù)，Bulk-seq和scRNA的分析軟件前言 作者開發(fā)Scissor的目的是結(jié)合bulk-seq的數(shù)據(jù)，尋找與某一性狀顯著相關(guān)的單細(xì)胞亞群，然后從表型的角度解釋這些細(xì)胞亞群的生物學(xué)意義...
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如何給Seurat對(duì)象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽，或者說起個(gè)別名，這些信息都存在@meta.data信息里，...
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Seurat的打分函數(shù)AddMouduleScore在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻(xiàn)的時(shí)候看到計(jì)算免疫細(xì)胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的Ad...
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ggplot2繪制GO富集分析柱狀圖1.使用clusterProfiler包進(jìn)行GO富集分析使用clusterProfiler的enrichGO函數(shù)來獲取GO分析 gene就是差異...
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WGCNA實(shí)例分析及解讀（附代碼）WGCNA分析基于兩個(gè)假設(shè)：1.相似表達(dá)模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路，2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無尺度分布?；谶@兩點(diǎn)，可以將基因網(wǎng)絡(luò)...
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