前言 前面，我們介紹過了差異基因的功能富集分析，今天，我們對這部分的內(nèi)容作一些補充 主要介紹一下 GEVA、ssGSEA 和單基因的富集分析 G...
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TCGA 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn) —— GSVA、ssGSEA 和單基因富集分析 -
自己模仿畫個-- m6A distribution on transcript前不久看到一篇發(fā)表在 Cell Reports 抗病毒和m6A相關(guān)的文章 Post-transcriptional regulation of ...
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思路清奇SCI:08.非腫瘤生信-Atherosclerosis（1.7分）無意中發(fā)現(xiàn)一篇生信文章，分?jǐn)?shù)不高，思路值得借鑒。 大佬說：復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言最好的辦法。 其實這句話，在生信文章套路中同樣適用的，即： 復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘入門---任意基因的任意分組比較任意基因的任意分組比較是生信技能樹[生信爆款入門課程]TCGA數(shù)據(jù)挖掘部分提到的一個重點。為拓展課堂所學(xué)知識，現(xiàn)在對其做下練習(xí)鞏固和總結(jié)。 1....
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【r<-包】使用GenomicDataCommons包下載和處理TCGA數(shù)據(jù)
資料來源該包手冊。R社區(qū)已經(jīng)有不少下載和處理TCGA數(shù)據(jù)的包，但目前能獲取最新GRch38的應(yīng)該只有TCGAbiolinks和本包，本包也是TC...
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CNV變異和中級繪圖今天可能雙11，生信微信推送很多都暫停，只有一篇關(guān)于CNV變異的推送，其次今天進(jìn)一步學(xué)習(xí)了先前的推送--中級繪圖 CNV變異指的是拷貝數(shù)變異，與...
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10X scRNA免疫治療學(xué)習(xí)筆記-5-差異分析及可視化劉小澤寫于19.10.17筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索10X Genomics技術(shù)相關(guān)的分析課程鏈接在：http://jm.g...
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R數(shù)據(jù)可視化7:氣泡圖 Bubble Plot“氣泡圖”這個名字聽著就很可愛是不是！今天讓我們來看看這個氣泡圖長什么樣，可以展示什么樣的數(shù)據(jù)，以及如何用R作圖。 什么是氣泡圖 氣泡圖（Bub...
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maftools|TCGA腫瘤突變數(shù)據(jù)的匯總，分析和可視化
本文首發(fā)于公眾號“生信補給站”，https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg 之前介紹了使...
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復(fù)現(xiàn)詳解：純R代碼實現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度一 . 從GEO數(shù)據(jù)庫中下載表達(dá)矩陣文件 GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_mat...
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