采用ggplot2繪制誤差線默認(rèn)是上下兩個(gè)方向均繪出，但有時(shí)對(duì)于柱狀圖只顯示一個(gè)方向的誤差線效果更好。想要實(shí)現(xiàn)這一目的，可以修改geom_err...
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R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記 -- ggplot2 繪制單側(cè)誤差線 -
R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記 -- ggplot2 繪圖指定字體大小與線寬期刊投稿時(shí)一般對(duì) figure 的字體大小 (font size) 和線寬 (line width) 有特定的要求，e.g., "Size an...
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用EnhancedVolcano 繪制火山圖最近發(fā)現(xiàn)一個(gè)新包EnhancedVolcano，畫(huà)火山圖令人發(fā)指的簡(jiǎn)單，而且用戶自主設(shè)置顏色、形狀、大小和陰影等參數(shù)定義不同的繪圖屬性，還可以通...
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R繪圖|韋恩圖的常見(jiàn)繪制方法
實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)：對(duì)照組，TNF處理組，TGF處理組，IL4處理組，每組3個(gè)生物學(xué)重復(fù)實(shí)驗(yàn)分組：TNF組 vs 對(duì)照組；TGF組 vs 對(duì)照組；IL4組...
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在火山圖上標(biāo)記基因要玩圖，離不開(kāi)哈德雷大神的《R數(shù)據(jù)科學(xué)》，第1章和21章是專(zhuān)門(mén)講圖的，我寫(xiě)過(guò)對(duì)應(yīng)的筆記：http://www.itdecent.cn/p/4a...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫(xiě)的一個(gè)R包，可以用來(lái)做各種富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology a...
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折騰了許久才復(fù)現(xiàn)出的WGCNA圖-GSE106292你值得擁有
前些天老大布置了WGCNA的作業(yè)：下載GSE106292 數(shù)據(jù)集的 Excel表格如何讀入R里面，做出作者文章中那樣的圖，但是分組很復(fù)雜，需要去...
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self-organizing map(SOM)
self-organizing map (SOM) 是一種被無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)訓(xùn)練產(chǎn)生的一個(gè)低維（通常為二維)的人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，可作為一種進(jìn)行降維的方法。...
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R中實(shí)現(xiàn)joy plotjoy plot是類(lèi)似于多組分類(lèi)的重疊在一起的密度圖（density plot），其效果圖如下圖所示： 從這個(gè)圖上可以明顯看出來(lái)不同組之間的關(guān)系...
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R數(shù)據(jù)可視化18:弧形圖每次有正事的時(shí)候就想逃避寫(xiě)個(gè)簡(jiǎn)書(shū)，假裝自己沒(méi)有干不正經(jīng)的事。（明明我還有一些數(shù)據(jù)需要分析呢，但是毫無(wú)分析的動(dòng)力。）好的，今天我們來(lái)介紹一個(gè)很酷炫...
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