用Kb （千），Mb（百萬）、Gb（十億）為單位描述基因組的大小。 bp = base pair(s)=一個堿基對 kb (= kbp) = k...
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基因組大小 -
宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實(shí)驗(yàn)室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276...
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breakdancer-CNV
在安裝時，使用conda 進(jìn)行安裝， conda install -y breakdancer 安裝完，運(yùn)行 bin/bam2cfg.pl 報錯...
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滑動窗口，并計算每一個窗口的SNP個數(shù)
數(shù)據(jù)類型 輸出結(jié)果
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circos使用筆記circos是用來展示數(shù)據(jù)的繪圖工具，其數(shù)據(jù)展示方式主要通過配置文件來決定。不同的展示方式可通過不同的配置文件來進(jìn)行設(shè)置，如染色體整體展示，添加...
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Python3 提取CDS根據(jù)物種基因組和注釋文件，可以編寫腳本，提取特殊的序列結(jié)構(gòu)，完成個性化的分析。本文利用Python3提取擬南芥的最長編碼序列，并轉(zhuǎn)化為氨基酸序列...
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如何上傳轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)到NCBI的SRA數(shù)據(jù)庫
建議大家把數(shù)據(jù)上傳到我們自己的數(shù)據(jù)庫（http://bigd.big.ac.cn/），支持國產(chǎn)。由于我的數(shù)據(jù)太差了，還是傳到NCBI吧~ 第一步...
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RNAseq 必讀綜述和在線教程最近讀到一篇博文，介紹了學(xué)習(xí) RNAseq 數(shù)據(jù)分析非常推薦的兩篇綜述和七個在線教程并發(fā)表了相關(guān)評論。本文將進(jìn)行簡要整理并對相關(guān)評論內(nèi)容進(jìn)行大致...
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國內(nèi)第一篇植物單細(xì)胞測序
之前關(guān)注王佳偉在植物發(fā)育階段轉(zhuǎn)變過程中調(diào)控機(jī)制的研究，洲更在生信界也是大名頂頂，不知道他們是一個課題組的。用到的統(tǒng)計方法有：t-SNE和UMAP...
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windows 下的blast+安裝以及使用
blast+的安裝 1.程序下載：訪問blast本地軟件包鏈接 blast_latest下載適合自己系統(tǒng)的blast版本。2.安裝流程：下載完畢...
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