說在前面： 早在 2009 年，韓斌團(tuán)隊（第一作者是黃學(xué)輝）就在 Genome Res 上發(fā)了一篇文章 High-throughput geno...
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SNPbinner 構(gòu)建定位群體的基因組 bin 圖譜 -
QTLseq數(shù)據(jù)分析，鼠標(biāo)點(diǎn)點(diǎn)，復(fù)現(xiàn) Nature Plant 番茄論文結(jié)果寫在前面 快一年了，寫了重測序三兄弟插件，幾乎所有用戶都可以用 TBtools 輕松完成 BSAseq 數(shù)據(jù)分析。當(dāng)然，我自己基本也沒怎么折騰過...
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使用MutMap快速定位突變基因：實戰(zhàn)篇通過前面兩篇文章對MutMap原理和分析流程的介紹，我們對MutMap的分析已經(jīng)有了比較深入的了解，是時候來點(diǎn)兒數(shù)據(jù)實戰(zhàn)一下了！ MutMap的...
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R繪圖|染色體SNP指數(shù)圖繪制文末可下載示例數(shù)據(jù)和代碼。 前幾天，老師讓我畫一個這樣的圖。 粗略一看，似乎沒有什么特別困難的地方，好像之前也看到過類似的圖，但是看到老師發(fā)來的...
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如何用binmapr進(jìn)行遺傳定位binmapr是我折騰的一個R包，它能夠?qū)GS測序得到SNP數(shù)據(jù)基于binmap進(jìn)行糾錯，用于更好的遺傳定位。 在閱讀本文之前，請先花點(diǎn)時間看...
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使用QTLseqr進(jìn)行BSA-seq分析QTLseqr是一個用于BSA-seq的R包，它能夠讀取GATK輸出結(jié)果進(jìn)行過濾，最終使用SNP-index和G 統(tǒng)計值的方法進(jìn)行定位。我們這次...
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水稻BSA之利用Mutmap快速進(jìn)行基因定位許多重要的農(nóng)藝性狀為數(shù)量性狀，由多個基因位點(diǎn)控制。利用傳統(tǒng)的分子標(biāo)記技術(shù)進(jìn)行基因定位，常常需要花費(fèi)較長的時間和大量的人力物力。2012年日本巖手...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（上篇）BSA雖然不是我最早接觸的高通量數(shù)據(jù)分析項目（最早的是RNA-seq），但是卻是我最早獨(dú)立開展的數(shù)據(jù)分析項目， 我曾經(jīng)專門寫過一篇文章介紹如何使...
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2. BSA的原理BSA（Bulked Segregant Analysis），集群分離分析或分離群體分組分析法。兩個特點(diǎn)：1. 混池2. 性狀分離所以，BSA可...
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