1.首先安裝eggnog-mapper軟件 注釋所需要的物種數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下，同時(shí)也可以用里面的腳本download_eggnog_data.py...
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構(gòu)建自己物種的orgDb
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自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個(gè)。主要參考了劉小澤的簡書，特別感謝一下?。?..
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R-tidyverse系列-stringr字符處理stringr字符處理 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/2e5063407d83]dp...
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eggnog-mapper注釋結(jié)果COG functional categories頻數(shù)統(tǒng)計(jì)首先下載COG functional categories代碼對(duì)應(yīng)的功能描述信息 fun2003-2014.tab，文件位于COGS數(shù)據(jù)庫中。 ...
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繪圖人是一個(gè)非常的視覺動(dòng)物，當(dāng)你有一個(gè)結(jié)果的時(shí)候，一個(gè)好的展示更加能夠讓人接受。分享一些繪圖 散點(diǎn)圖 最常見的圖可能就是散點(diǎn)圖了： 在呈現(xiàn)結(jié)果時(shí)，有...
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R語言可視化（二十七）：序列l(wèi)ogo圖繪制27. 序列l(wèi)ogo圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用seqLogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用ggseqlogo包繪制序列l(wèi)ogo...
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UpSetR：集合可視化神包對(duì)于集合的可視化，第一時(shí)間想到的都是韋恩圖（venn diagram），一般集合不超過5個(gè)的時(shí)候，可視化效果還是不錯(cuò)的 但是一旦數(shù)據(jù)集增加，比如...
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[R]bioconductor之GenomicFeatures學(xué)習(xí)GenomicFeatures包主要提供了TxDb對(duì)象結(jié)構(gòu)。基于此對(duì)象的操作，we can easily download the genomi...
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ggcor繪制相關(guān)性熱圖不久前收到小伙伴的這樣一張圖，感覺與corrplot(https://cran.r-project.org/web/packages/corrp...
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推薦一份ggplot2畫圖的學(xué)習(xí)資料今天查資料的時(shí)候發(fā)現(xiàn)的，好多漂亮的圖片，大部分都是借助ggplot2實(shí)現(xiàn)的。提供示例數(shù)據(jù)和代碼。很好的R語言畫圖學(xué)習(xí)資料。 這份學(xué)習(xí)資料里我比較...
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