hello，大家好，今天我們要繼續(xù)分享單細(xì)胞空間聯(lián)合分析的部分，參考文章在High Resolution Single Cell Maps Re...
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單細(xì)胞空間聯(lián)合分析解析 Distinct Cell Organization and Function Across Different Regions of the Human Intestine -
Nat Commun | CODEX——SpatialScore預(yù)測皮膚T細(xì)胞淋巴瘤對PD-1阻斷響應(yīng)的空間生物標(biāo)志物皮膚T細(xì)胞瘤（CTCL）以其罕見且高死亡率著稱，只有1/3的 CTCL 患者從 PD-1 阻斷中受益，急需生物標(biāo)志物來預(yù)測抗 PD-1 治療的臨...
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【Cell】CODEX：HCC腫瘤微環(huán)境中MAIT細(xì)胞的異質(zhì)性黏膜相關(guān)恒定T（MAIT）是人類肝臟中豐富的先天T細(xì)胞亞型。MAIT細(xì)胞在調(diào)節(jié)免疫和炎癥中起著至關(guān)重要的作用，但它們在肝癌中的作用尚不清楚。 美...
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【Nat Commun. 文獻(xiàn)分享】snRNA-seq&10x Visium&CODEX聯(lián)合探索膀胱癌免疫治療潛在指標(biāo)手術(shù)前的新輔助化療 (NAC) 和免疫檢查點治療 (ICT) 徹底改變了膀胱癌的管理。如何在臨床上找到可以最大獲益的患者群，仍然面臨缺乏有效臨床...
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CPTAC蛋白數(shù)據(jù)庫的使用CPTAC數(shù)據(jù)庫（https://cptac-data-portal.georgetown.edu/datasets[https://cptac...
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單細(xì)胞免疫組庫數(shù)據(jù)分析||Seurat整合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組與VDJ數(shù)據(jù)在做10X單細(xì)胞免疫組庫分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘轉(zhuǎn)錄組，那么怎樣才能把兩者結(jié)合到一起呢？ 今天我們嘗試用我們的趁手工具做...
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一個R包玩轉(zhuǎn)單細(xì)胞免疫組庫分析，還能與Seurat無縫對接
在介紹clonotypr(https://github.com/mattfemia/clonotypr)包之前，我們需要先去解決幾個問題： （1...
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使用scRepertoire包進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫數(shù)據(jù)分析簡介 scRepertoire包是由華盛頓大學(xué)的Nick Borcherding博士開發(fā)，是一款針對10X V(D)J數(shù)據(jù)的免疫組庫分析工具。它...
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????[生信基礎(chǔ)|免疫量化]cibersort|timer|xcell等十幾種從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中量化腫瘤浸潤性免疫細(xì)胞的方法匯總
參考文獻(xiàn):Quantifying tumor-infiltrating immune cells from transcriptomics da...
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復(fù)現(xiàn)：純R代碼實現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度最近學(xué)習(xí)了生信菜鳥團(tuán)的純R代碼實現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度,想復(fù)制作者的流程，但是發(fā)現(xiàn)了幾個不一樣的地方，所以重新整理流程，代碼主要...
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