前言 對于很多小伙伴來說，剛?cè)胧稚艜r接觸最多的就是差異分析，即在基因組層面可以算突變率差異，轉(zhuǎn)錄組層面可以算基因表達(dá)水平差異，表觀組可以觀察甲...
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一文理清常見的基因富集分析
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祖先狀態(tài)重建—揭示物種性狀的起源與演化我覺得處理任何事情，不僅要做到“知其然”，還要做到“知其所以然”。在做事情時，如果僅知道低頭蠻干，不知道抬頭看路；只知道跟著“牽牛繩”的方向，在...
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論文日鑒16:綜合生信工具網(wǎng)站Bio.tools bio.tools · Bioinformatics Tools and Services Discovery Portal...
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Sam/Bam文件格式詳解
作者：麥茬道審稿：童蒙編輯：amethyst 隨著生物信息數(shù)據(jù)的爆發(fā)式增長，存儲生物信息的文件格式也多樣化起來，不同的文件格式往往有不同的目的：...
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infernal預(yù)測ncRNA
一：下載安裝 二：下載數(shù)據(jù)庫 三： 確定待查詢的核苷酸序列或基因組的大小，作為后續(xù)命令的參數(shù) 其輸出結(jié)果中有一行，Total # of resi...
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快速 | 蛋白序列兩兩相似度矩陣計算寫在前面 Emmm，有時候，我們可能通過一些比對軟件，如 BLAST , DIAMON 或者 ghostz 得到一堆序列比對結(jié)果。當(dāng)然，我們也可...
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Hyphy，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件，使用指北
近幾年來，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多，雖然不及paml，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注。首先相比paml，hyphy有以下...
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Merqury評估基因組質(zhì)量一款用于評估基因組質(zhì)量的新方法 一般用于評估的方法 二代reads 比對率； 偏向于重復(fù)序列... BUSCO；僅僅能檢測單拷貝 最近，GEno...
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如何利用泛基因組來深度發(fā)掘一個物種？
作者：童蒙編輯：amethyst 大豆是一種非常重要的油料和蛋白質(zhì)來源。為了研究其基因組多樣性，需要構(gòu)建高質(zhì)量的泛基因組。作者denovo組裝了...
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