所有的學習都是從模仿開始的，所以我又開始跟著小潔老師繼續(xù)學習了。知識是日積月累的，希望自己走的每一步都是扎實的。 1.下載包及引用數據 讓我們看...
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用RTCGA包下載TCGA數據
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GEO數據國內鏡像下載、基因注釋、差異分析、火山圖、熱圖及后續(xù)處理首先感謝生信技能樹大神jmzeng1314提供的github包，由于我這邊訪問github比較困難，因此我已經導入到我的 gitee 托管平臺...
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GEO數據分析[筆記]導讀 個人筆記，初次分析芯片數據，純屬練習，不涉及生物學意義。 一、數據獲取 1 GEO官網中輸入GSE編號，檢索 2 獲取分組信息，下載豐度表...
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TCGA+biomarker——風險因子關聯(lián)圖
簡介：風險因子關聯(lián)圖常見于cox風險比例模型，常見于下圖這種三圖聯(lián)合的展示形式，展示的是由cox風險模型區(qū)分出的高風險和低風險人群在人群比例、生...
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TCGA+biomarker——ROC曲線
通常情況下，通過以下幾種指標來對模型進行評價。1）區(qū)分度：采用指標C-index和ROC曲線來評價區(qū)分度，一般文章都是二選一。 C-index即...
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TCGA+biomarker——決策曲線分析法（DCA）
DCA曲線簡介 DCA是一種評估臨床預測模型、診斷試驗和分子標記物的簡單方法。傳統(tǒng)的診斷試驗指標如：敏感性，特異性和ROC曲線下面積僅測量預測模...
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GEO芯片數據下載及清洗獲得平臺探針注釋信息 這個probe矩陣里就有詳細的探針信息啦～其中第15行是gene_symbol，接下來會用到 獲取表達譜數據和表型矩陣 這...
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GEO表達矩陣中提取隨機樣本信息一個上午搞定了，難搞的表達矩陣中提取隨機樣本。 數據包簡介： 首先，GSE63885共有100多例病人樣本，而我選擇的是隨機的29例（指定）。如...
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繪制熱圖與預后評分關系的簡易工具01—研究背景 多因素cox回歸分析方法是英國統(tǒng)計學家 D.R.Cox 于 1972 年提出的比例風險回歸模型 (proportional ha...
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GEO數據挖掘-第三期-口腔鱗狀細胞癌（OSCC）
文章來源：生信技能樹原文：GEO數據挖掘-第三期-口腔鱗狀細胞癌（OSCC）文章標題 A pplication of weighted gene...
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