制作string的輸入數(shù)據(jù) 準(zhǔn)備cytoscape的輸入文件
投稿
制作string的輸入數(shù)據(jù) 準(zhǔn)備cytoscape的輸入文件
富集分析考驗(yàn)網(wǎng)速,因此給大家保存了Rdata 上課運(yùn)行示例數(shù)據(jù)無(wú)需修改,在做自己的數(shù)據(jù)時(shí)請(qǐng)注意把本行之后的load()去掉 1.GO datab...
此腳本無(wú)需修改,認(rèn)清輸入數(shù)據(jù)即可 1.火山圖,輸入數(shù)據(jù)是deg 取差異基因做熱圖 作熱圖
第一,同樣的,清除變量+加載之前的數(shù)據(jù) 差異分析,用limma包來(lái)做 需要表達(dá)矩陣exp和group_list分組對(duì)象,不需要改 為deg數(shù)據(jù)框...
PCA降維——第一步,將exp數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)置,降維為甚需轉(zhuǎn)置呢? 第二步,PCA降維 dim1和dim2分別代表什么? 熱圖——第一步,數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 第二...
group_list分組 第一步:清除之前所有變量+加載之前的數(shù)據(jù) 第二步,確認(rèn)分組的目標(biāo) 第三步,分組向量生成 第四步,設(shè)置因子 芯片注釋 芯...
Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI負(fù)責(zé)維護(hù)的一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù),設(shè)計(jì)初衷是為了收集整理各種表達(dá)芯片...
背景知識(shí) hgu133plus2.db1.注釋包的作用:基因芯片給出的分析結(jié)果都是針對(duì)芯片探針組的,每個(gè)探針組只有一個(gè)公司自己定義的ID,既沒有...