制作string的輸入數(shù)據(jù) 準(zhǔn)備cytoscape的輸入文件
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07_string
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06_anno
富集分析考驗(yàn)網(wǎng)速，因此給大家保存了Rdata 上課運(yùn)行示例數(shù)據(jù)無(wú)需修改，在做自己的數(shù)據(jù)時(shí)請(qǐng)注意把本行之后的load()去掉 1.GO datab...
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（六）05_vocano_heatmap此腳本無(wú)需修改，認(rèn)清輸入數(shù)據(jù)即可 1.火山圖,輸入數(shù)據(jù)是deg 取差異基因做熱圖 作熱圖
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（五）04_DEG差異基因第一，同樣的，清除變量+加載之前的數(shù)據(jù) 差異分析，用limma包來(lái)做 需要表達(dá)矩陣exp和group_list分組對(duì)象，不需要改 為deg數(shù)據(jù)框...
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(四) 03_PCA降維和heatmap熱圖PCA降維——第一步，將exp數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)置，降維為甚需轉(zhuǎn)置呢？ 第二步，PCA降維 dim1和dim2分別代表什么？ 熱圖——第一步，數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 第二...
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（三）02_group_ids分組和芯片注釋
group_list分組 第一步：清除之前所有變量+加載之前的數(shù)據(jù) 第二步，確認(rèn)分組的目標(biāo) 第三步，分組向量生成 第四步，設(shè)置因子 芯片注釋 芯...
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（二）01_start_GEO.RGene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI負(fù)責(zé)維護(hù)的一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，設(shè)計(jì)初衷是為了收集整理各種表達(dá)芯片...
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（一）GEO分析相關(guān)R包下載和加載——DAY2
背景知識(shí) hgu133plus2.db1.注釋包的作用：基因芯片給出的分析結(jié)果都是針對(duì)芯片探針組的，每個(gè)探針組只有一個(gè)公司自己定義的ID，既沒有...
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