前面由于對miRNA的探針數(shù)目沒有正確的理解，以為數(shù)據(jù)一直沒有下載完全，折騰了一番。后來經(jīng)老大jimmy提醒了，miRNA有2000左右的探針就...
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一篇WGCNA文章復(fù)現(xiàn)-GSE85589-下集
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bilibili視頻-《生信人應(yīng)該這樣學(xué)R語言》-P13-R語言作業(yè)-中級R語言小作業(yè)-中級 1.請根據(jù)R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl 基因ID 對應(yīng)的基因名(symbol) ENSG0000000...
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非常詳細(xì)的GEO數(shù)據(jù)下載和清理，你要看嗎-GSE33532
來自數(shù)據(jù)集GSE33532,對于第一步獲得表達(dá)矩陣，做了還蠻詳盡的注解過程，希望能對其他人有幫助。雖然看上去全是黑色代碼快，但注解理解示例全在這...
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公共數(shù)據(jù)庫沒有錯(cuò)誤嗎？我們對GSE17215進(jìn)行分析 按照原數(shù)據(jù)3X3分組 1.注釋基因，整理數(shù)據(jù) 2.檢查數(shù)據(jù) 發(fā)現(xiàn)按照3X3分組樣本主成分和聚類，有一個(gè)樣本表現(xiàn)很...
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典型醫(yī)學(xué)設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集
典型醫(yī)學(xué)設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step) - 數(shù)據(jù)獲取到標(biāo)準(zhǔn)化介紹了實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)獲取、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和注釋，下面是如何利用L...
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R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘02-解決GEO數(shù)據(jù)中的多個(gè)探針對應(yīng)一個(gè)基因解決GEO數(shù)據(jù)中的多個(gè)探針對應(yīng)一個(gè)基因 當(dāng)我們來到這一步時(shí)我們默認(rèn)經(jīng)過前期的處理，你已經(jīng)獲得了表達(dá)矩陣的數(shù)據(jù)，獲得了探針的注釋信息。在進(jìn)一步探索...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘系列文-生信技能樹
GEO數(shù)據(jù)挖掘系列文-第一期-膠質(zhì)母細(xì)胞瘤http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&mi...
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1.Start-GEO下面這個(gè)是在關(guān)于在要下載安裝包之前做的切換鏡像,搜索到http和https有什么區(qū)別 一、HTTP和HTTPS的基本概念HTTP：是互聯(lián)網(wǎng)上應(yīng)用...
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公共數(shù)據(jù)庫挖掘之利用R語言下載并整理GEO數(shù)據(jù)因?yàn)槭浅醮卫肦包進(jìn)行下載數(shù)據(jù)，其中遇到了各種問題，重裝了幾個(gè)R，終于可以順利下載文件了?，F(xiàn)在把過程整理總結(jié)如下，其中有問題的地方還希望大家一起...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（一）尋找共同差異基因在使用Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)（一）中我們使用的是芯片的原始數(shù)據(jù)（即*.cel文件）進(jìn)行分析，但在大部分情況下我們是可以利用GEO...
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