搬運(yùn)自哈佛生物信息課程:《Introduction to Single-cell RNA-seq》鏈接:https://hbctraining....
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搬運(yùn)自哈佛生物信息課程:《Introduction to Single-cell RNA-seq》鏈接:https://hbctraining....
如果只是做單個(gè)樣本的sc-RNA-seq數(shù)據(jù)分析,并不能體會(huì)到Seurat的強(qiáng)大,因?yàn)镾eurat天生為整合而生。 本教程展示的是兩個(gè)pbmc數(shù)...
簡(jiǎn)介 ??由于單細(xì)胞數(shù)據(jù)的高維度,基因長(zhǎng)度差異,覆蓋度差異及實(shí)驗(yàn)過(guò)程中的偏好性等因素,對(duì)前期數(shù)據(jù)進(jìn)行有質(zhì)量的標(biāo)準(zhǔn)化,對(duì)后續(xù)分析結(jié)果解讀至關(guān)重要。...
簡(jiǎn)介 ??目前單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析有不少的挑戰(zhàn),比如稀疏矩陣,超高維度數(shù)據(jù)降維,批次效應(yīng)校正,聚類(lèi)算法的選擇,多組學(xué)數(shù)據(jù)整合等挑戰(zhàn)。有需求就需要造輪子...
隨著單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)數(shù)據(jù)集的逐漸累積,用于分析這些數(shù)據(jù)的工具數(shù)量也在急劇增加。熟悉小張聊科研的同學(xué)都知道,此前小編大大們?cè)?..
這篇文章是2019年1月14日發(fā)表在Nature Immunology上的一篇文章:Reference-based analysis of lu...
SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering Abstract...
劉小澤寫(xiě)于19.3.16看了一篇綜述,又加了一些擴(kuò)展知識(shí) 文章 這是一篇2017發(fā)表在Genome Medicine上的文章A practica...
10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄seurat包提取表達(dá)量畫(huà)小提琴圖 需求提取表達(dá)畫(huà)小提琴圖對(duì)噪音處理 需求 其實(shí)seurat包已經(jīng)有畫(huà)小提琴圖的...
feature selection 比較不同feature selection方法 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的確可以一次性對(duì)所有細(xì)胞都檢測(cè)到上千個(gè)基因的...