什么是啞鈴圖(Dumbbell Chart) 啞鈴圖（Dumbbell Chart）就像它的名字一樣，長(zhǎng)得像一個(gè)啞鈴。當(dāng)然當(dāng)你有多個(gè)節(jié)點(diǎn)的時(shí)候，...
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R數(shù)據(jù)可視化16:啞鈴圖 -
收藏貼之一 | 寫過熱圖工具的人，給你理清熱圖數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化寫在前面 熱圖，或稱熱力圖，是外文 Heatmap 的直譯。在幾乎所有數(shù)值分析相關(guān)工作中都可以看到。生物信息學(xué)數(shù)據(jù)，自然躲不過。無論是形態(tài)數(shù)據(jù)，...
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數(shù)據(jù)過濾-Trimmomatic
為什么要進(jìn)行數(shù)據(jù)過濾 二代測(cè)序的下機(jī)數(shù)據(jù)經(jīng)堿基識(shí)別得到的原始序列稱為raw-data。raw-data中可能含有接頭（adapter）、低質(zhì)量序...
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TcellExTRECT 利用全外顯子測(cè)序（WES）評(píng)估腫瘤免疫浸潤(rùn)程度TcellExTRECT應(yīng)用場(chǎng)景 腫瘤組織的免疫微環(huán)境影響腫瘤進(jìn)化，可以預(yù)測(cè)腫瘤對(duì)于免疫療法的反應(yīng)性以及治療預(yù)后。免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療已經(jīng)成功的...
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PON構(gòu)建的兩種方法
PON構(gòu)建方法一：vcftools PON構(gòu)建方法二：GATK
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相關(guān)性計(jì)算與可視化畫用途： 計(jì)算組間相關(guān)性，并進(jìn)行可視化 1.一組數(shù)據(jù)，單個(gè)矩陣 使用示例： 輸入數(shù)據(jù)示例： 代碼 1，輸出相關(guān)性矩陣，并用ggplot2畫熱圖 2...
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根據(jù)bam文件推測(cè)捕獲區(qū)間（bed）/獲取全部基因（exon）的區(qū)間1，將UCSC的refFlat.txt轉(zhuǎn)換成bed文件 基因全長(zhǎng)bed refFlat.txt文件示例： hg19.genes.bed文件示例：...
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ggplot2 畫柱形圖上游數(shù)據(jù)示例： 基因A 結(jié)果示例： 基因B 兩幅圖組合在一起 示例： 累積柱狀圖 示例： 柱狀圖漸變色 柱狀圖上標(biāo)數(shù)字 普通柱狀圖 上游數(shù)據(jù) 示例圖
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兩組數(shù)據(jù)Fisher檢驗(yàn)及結(jié)果可視化分析需求/適用場(chǎng)景 我們常常要比較N個(gè)元素的不同狀態(tài)在兩組間的分布情況，分析富集于一組的元素。那此時(shí)就可以對(duì)每個(gè)元素不同狀態(tài)在兩組的數(shù)量進(jìn)行Fi...
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如何提高FFPE變異檢測(cè)質(zhì)量？FFPE測(cè)序數(shù)據(jù)檢測(cè)變異面臨的問題 通過對(duì)大量樣本進(jìn)行重測(cè)序技術(shù)（全基因組、全外顯子組、目標(biāo)區(qū)域）以剖析癌癥的致病機(jī)制，挖掘癌癥相關(guān)的基因是近些...
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