概要 本文主要討論Seurat對(duì)象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性,分兩種情況:①經(jīng)過(guò)數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類(lèi)的Seurat對(duì)象導(dǎo)入②未...
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概要 本文主要討論Seurat對(duì)象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性,分兩種情況:①經(jīng)過(guò)數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類(lèi)的Seurat對(duì)象導(dǎo)入②未...
梗概 參照官網(wǎng)教程:http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#getti...
接著上篇繼續(xù)練習(xí),前一篇文章里已經(jīng)把PBMC按照4個(gè)時(shí)間點(diǎn)分了群,接下來(lái)就是差異分析了。本次使用monocle進(jìn)行差異分析,主要分10步(使用m...
劉小澤寫(xiě)于19.10.17筆記目的:根據(jù)生信技能樹(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索10X Genomics技術(shù)相關(guān)的分析課程鏈接在:http://jm.g...
Garnett是一個(gè)從單細(xì)胞表達(dá)數(shù)據(jù)中實(shí)現(xiàn)自動(dòng)細(xì)胞類(lèi)型分類(lèi)的軟件包。Garnett的工作方式是獲取單細(xì)胞數(shù)據(jù)和細(xì)胞類(lèi)型定義(marker)文件,...
劉小澤寫(xiě)于19.9.5-第三單元第十一講:使用monocle2分析文章數(shù)據(jù)筆記目的:根據(jù)生信技能樹(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)...