2019年的最后一天了，跟大家一起讀一讀文獻吧，基于公共數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)挖掘發(fā)表在 Cancer Immunology Research雜志上，作者單...
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胃癌免疫微環(huán)境-生信分析典范 -
折騰了許久才復(fù)現(xiàn)出的WGCNA圖-GSE106292你值得擁有
前些天老大布置了WGCNA的作業(yè)：下載GSE106292 數(shù)據(jù)集的 Excel表格如何讀入R里面，做出作者文章中那樣的圖，但是分組很復(fù)雜，需要去...
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【代謝組學(xué)】4.生物標志物分析概念 生物標志物，即傳說中的biomarker，是一類可測量的，用來表征疾病狀態(tài)的物質(zhì)，通常用于表征： 疾病的狀態(tài)（是否為某種疾病/某種亞型）；...
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三分文章思路-1
三分文章思路-1 這篇3分文章思路記錄下來，其實前面沒有展示生信的圖圖，但是文章introduction部分，描述了通過TCGA數(shù)據(jù)庫TCGA_...
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富集分析后取基因
文章是：Identification of ankylosing spondylitis-associated genes by express...
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基因芯片 尋找探針所對應(yīng)的基因ID最近在學(xué)習(xí)處理芯片數(shù)據(jù)，遇到一個問題就是芯片數(shù)據(jù)和基因ID之間的對應(yīng)問題。不然感覺自己做出的東西沒有辦法分析。 先來看一下芯片探針與基因直接...
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R 如何實現(xiàn)更快讀取數(shù)據(jù) - 使用readr包
Hadley Wickham 和 RStudio 團隊開發(fā)了一個新的用于文本數(shù)據(jù)讀取的包，那就是readr包。readr包提供了幾個新的函數(shù)，能...
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CHETAH: sc-RNA-seq 細胞類型定義工具細胞類型識別對于單細胞RNA測序(scRNA-seq)研究至關(guān)重要，目前正改變著生命科學(xué)。CHETAH(分級分類輔助的細胞類型表征,CHarac...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析||Garnett細胞類型注釋工具Garnett是一個從單細胞表達數(shù)據(jù)中實現(xiàn)自動細胞類型分類的軟件包。Garnett的工作方式是獲取單細胞數(shù)據(jù)和細胞類型定義(marker)文件，...
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single cell marker 基因數(shù)據(jù)庫在單細胞轉(zhuǎn)錄組測序中一個重要的方面就是定義聚類得來的cluster，一個思考的方向就是根據(jù)marker基因來定義cluster的細胞類型（cel...
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