hello,大家好，又是周五，一周的收官之戰(zhàn)，今天我們需要復習一下CoNGA[(http://www.itdecent.cn/p/00aa3e...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）轉(zhuǎn)錄組 & VDJ 聯(lián)合分析（15）之CoNGA -
10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）TCR轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合數(shù)據(jù)分析之(8)neighbor graph analysis（CoNGA）今天我們來分享10X單細胞和TCR聯(lián)合分析的代碼部分，之前的基礎知識，大家要掌握，代碼已經(jīng)是最后一步了。當然，前面自己進行安裝，示例數(shù)據(jù)在htt...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）BCR（TCR）數(shù)據(jù)分析之(9)changeohello，大家好，前面分享了很多有關(guān)TCR的數(shù)據(jù)分析，今天我們來繼續(xù)這個專題,今天的分享都是為后續(xù)最終的目的做準備，現(xiàn)在還都只是中間過程，好了...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）轉(zhuǎn)錄組 & VDJ 聯(lián)合分析（14）之CoNGAhello，今天我們繼續(xù)來分享分析代碼部分，這一次，我們直接用單細胞Seurat 的分析結(jié)果聯(lián)合VDJ進行分析，話不多說，直接開始。 寫出h5a...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）轉(zhuǎn)錄組 + VDJ聯(lián)合分析（13）之基礎術(shù)語這一篇我們掃盲，總結(jié)一下VDJ的所有技術(shù)術(shù)語。 AIRR：適應性免疫受體庫。 在 Scirpy 文檔中，簡單地談到了免疫受體 (IR)。The ...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）轉(zhuǎn)錄組 + VDJ聯(lián)合分析（12）之scirpy好吧， 我們來繼續(xù)一些轉(zhuǎn)錄組 + VDJ的聯(lián)合分析，今天分享的軟件是scirpy，很多人應該用過，文章在Scirpy: A Scanpy ext...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）BCR（TCR）數(shù)據(jù)分析之(11)dandelion好了，我們今天要繼續(xù)這個專題的分享，內(nèi)容很多，好好深入學習的話，估計需要一輩子??。 第一點，TCR（BCR的聚類方式）Clustering by...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）BCR（TCR）數(shù)據(jù)分析之(10)changeohello，這一篇我們來對軟件changeo進行補充，很多細節(jié)的內(nèi)容，我們需要深入知道一下。 首先第一個AIRR Community Rearr...
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