博文名稱：Reduce Dimensions for Single Cell博文鏈接：https://towardsdatascience.co...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)的降維 -
單細(xì)胞兩個數(shù)據(jù)集之間的比較：scmap1 Introduction 隨著越來越多的scRNA-seq數(shù)據(jù)集的產(chǎn)生，在它們之間進(jìn)行比較就顯得非常關(guān)鍵。一個核心的應(yīng)用是比較不同實驗室收集...
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使用SOM嘗試跑單細(xì)胞數(shù)據(jù)修改一下上面錯誤的結(jié)論通過如下代碼的更細(xì)致的觀察發(fā)現(xiàn)在處理單細(xì)胞的數(shù)據(jù)中，使用SOM方法找到的模式表達(dá)基因更傾向于特異性，缺點(diǎn)是會受一些低表達(dá)基...
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使用SingleR包進(jìn)行單細(xì)胞類型注釋分析SingleR包簡介 SingleR是一個用于對單細(xì)胞RNA-seq測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞類型自動注釋的R包（Aran et a...
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SNARE-seq：RNA-seq和ATAC-seq合體High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibil...
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RNA velocity of single cells文獻(xiàn)學(xué)習(xí)在之前的一個視頻學(xué)習(xí)系列筆記里，有一篇筆記提到了RNA velocity（Single cell RNA-seq data analysis w...
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利用scanpy進(jìn)行單細(xì)胞測序分析（一）預(yù)處理和聚類scanpy軟件官網(wǎng)：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html...
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利用scanpy進(jìn)行單細(xì)胞測序分析（二）軌跡推斷這篇文章學(xué)習(xí)scanpy官網(wǎng)的第二部分，這部分介紹了如何使用scanpy進(jìn)行軌跡推斷。官網(wǎng)地址：https://scanpy-tutorials...
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利用scanpy進(jìn)行單細(xì)胞測序分析（三）Marker基因的可視化其實這一部分在前面就已經(jīng)涉及到一些，不過官網(wǎng)既然把這部分拿出來單獨(dú)作為一大塊講解，可能也是因為這一部分可供選擇的可視化方法有很多。對于圖片的優(yōu)化...
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大聯(lián)合 - 單細(xì)胞測序在新冠肺炎研究中的應(yīng)用進(jìn)展 (PPT)
2020年3月30-31日，NIH-HCA 2020聯(lián)席會議通過在線會議形式順利召開會議目的：通過將實驗技術(shù)、數(shù)據(jù)管理和分析領(lǐng)域的重要研究人員召...
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