傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列 為了一件小事也不得不寫程序時(shí)，你是否會(huì)覺(jué)得心里很煩？本欄目旨在分享生物信息分析中的一些小技巧，純傻...
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傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列
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利用bedtools提取基因組指定區(qū)域序列
利用bedtools能夠快速批量的提取基因組上指定區(qū)域的序列。 1. Example： 文件說(shuō)明example_genome.fasta基因組序...
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泛基因組分析流程ppsPCP
論文 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/20/4156/5372683?lo...
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NCBI查詢物種所在分支進(jìn)化樹(shù)進(jìn)化樹(shù)：進(jìn)化樹(shù)在生物學(xué)中，用來(lái)表示物種之間的進(jìn)化關(guān)系。生物分類學(xué)家和進(jìn)化論者根據(jù)各類生物間的親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近，把各類生物安置在有分枝的樹(shù)狀的圖表上...
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基于圖形泛基因組的Reads比對(duì)的審閱與可視化最近研究中遇到個(gè)問(wèn)題，就是翻來(lái)覆去似乎并沒(méi)有找到類似IGV那種看read比對(duì)的基于圖型泛基因組的基因組瀏覽器emmm。。 因此，我們決定，自己做...
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基因家族的鑒定-基于Windows系統(tǒng)上的HMMER基因組的序列提取，詳情請(qǐng)看我之前的教程：http://www.itdecent.cn/p/211a262aebc4 基因家族的鑒定-基于win...
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TBtools的sequence toolkit常用功能介紹:
TBtools（v1.089）的sequence toolkit常用功能介紹: fasta extract (recommended) 給出序列...
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基因家族的鑒定-基于windows系統(tǒng)上的本地blast基因家族的鑒定-基于windows系統(tǒng)上的本地blast 基因組的序列提取，詳情請(qǐng)看我之前的教程http://www.itdecent.cn/...
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基因家族的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)-基于Windows系統(tǒng)上的iqtree之前的序列提取教程請(qǐng)看：http://www.itdecent.cn/p/211a262aebc4。 之前的基因家族鑒定教程請(qǐng)看：https:...
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【R畫圖學(xué)習(xí)22.1】進(jìn)化樹(shù)和氣泡組合圖今天學(xué)習(xí)繪制下面這個(gè)paper里面的一個(gè)圖。 從圖中，可以看出，圖片分成2個(gè)部分，左邊是進(jìn)化樹(shù)，右邊是類似氣泡圖。 下面我們用一組簡(jiǎn)單的文件進(jìn)行...
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