今天給小朋友數(shù)據(jù)可視化工具時(shí)候，發(fā)現(xiàn)國(guó)內(nèi)很多人開發(fā)出來數(shù)據(jù)可視化平臺(tái)，可以滿足許多數(shù)據(jù)可視化需要。想著干脆整了一個(gè)目錄貼。簡(jiǎn)單記錄下來，幾個(gè)我不...
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整理貼 | 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)可視化平臺(tái)~國(guó)人作品 -
基于orthofinder 結(jié)果構(gòu)建物種樹
串聯(lián)法 orthofinder 已經(jīng)生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已經(jīng)生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列，Spe...
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基因組- genome survey（1）尚未進(jìn)行基因組測(cè)序的物種，在進(jìn)行基因組測(cè)序前，首先需對(duì)該物種進(jìn)行 genome survey。一般通過兩個(gè)途徑：細(xì)胞遺傳學(xué)（這里只講流式細(xì)胞術(shù)）...
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用MEGA軟件構(gòu)建NJ樹（Neighbor-Joining）MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遺傳分析 MEGA是一款操作簡(jiǎn)單的系統(tǒng)...
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MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹如何用MEGA-X構(gòu)建進(jìn)化樹_生物研究_實(shí)用技巧_科研星球 (51xxziyuan.com)[https://www.51xxziyuan.co...
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構(gòu)建發(fā)育樹 Bootstrap值
即自展值，可用來檢驗(yàn)所計(jì)算的進(jìn)化樹分支可信度。Bootstrap幾乎是構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹一個(gè)必須的選項(xiàng)。一般Bootstrap的值>70%，則認(rèn)為構(gòu)...
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使用wgd進(jìn)行全基因組復(fù)制分析這篇教程是我在2019年9月左右分析WGD時(shí)的筆記。目前來看，背景介紹和軟件使用說明都基本沒啥問題。但是現(xiàn)在更建議大家使用wgdi進(jìn)行比較基因組...
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淺談全基因組復(fù)制
作者：May審稿：童蒙編輯：amethyst 01 什么是全基因組復(fù)制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/復(fù)制（whole genom...
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mcmctree估算物種分歧時(shí)間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時(shí)間對(duì)探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹以及估算物種分化時(shí)間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)...
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轉(zhuǎn)錄組重建系統(tǒng)發(fā)育（一）使用fastp多rawdata進(jìn)行處理rawdata可以是從公司直接獲得的測(cè)序數(shù)據(jù)或者是網(wǎng)上下載的數(shù)據(jù)，網(wǎng)上下載數(shù)據(jù)的流程參考使用SRA Toolkit下載NCBI-SRA原始數(shù)據(jù)[...
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