1. 介紹 任何語言的包，依賴和環(huán)境管理：Python，R，Ruby，Lua，Scala，Java，Javascript，C / C ++，F(xiàn)O...
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Conda工具使用
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Bioconda 安裝與使用
個人學(xué)習(xí)筆記，轉(zhuǎn)載鏈接如下：作者：Hypdoctor鏈接：http://www.itdecent.cn/p/b42e5d8127db來源：簡書著...
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第9篇：差異peaks分析——DiffBind學(xué)習(xí)目標 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評估兩個樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評估樣本間的關(guān)系 評估不同工具得到的差異peaks的一致性 評估差異p...
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第8篇：用網(wǎng)頁版工具做功能分析和motif分析上一篇介紹了使用ChIPseeker對peaks的分布和鄰近基因的注釋。除此之外，下游分析通常還包括鑒定我們感興趣的蛋白質(zhì)結(jié)合的motif；鑒定...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker對peaks進行注釋和可視化上一步驟（第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR）用IDR對重復(fù)樣本peaks的一致性進行了評估，同時得到了merge后的一致性的peaks——sam...
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第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重復(fù)樣本的處理ATAC-Seq要求必須有2次或更多次生物學(xué)重復(fù)（十分珍貴或者稀有樣本除外，但必須做至少...
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第5篇：對ATAC-Seq/ChIP-seq的質(zhì)量評估（二）——ChIPQC1. 學(xué)習(xí)目標 討論ChIP-seq數(shù)據(jù)質(zhì)量評估的其他方法 用ChIPQC產(chǎn)生質(zhì)量統(tǒng)計報告 鑒定低質(zhì)量數(shù)據(jù)的來源概覽圖Additional Qu...
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第4篇：對ATAC-Seq/ChIP-seq的質(zhì)量評估（一）——phantompeakqualtools學(xué)習(xí)目標： 探討ChIP-seq數(shù)據(jù)質(zhì)量低的來源 理解鏈交叉相關(guān)性（ strand cross-correlation） 使用phantompe...
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第3篇：用MACS2軟件call peaks學(xué)習(xí)目標： 學(xué)會用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的結(jié)果 Peak Calling Peak callin...
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第2篇：原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控、比對和過濾這部分內(nèi)容包括對原始測序數(shù)據(jù)質(zhì)控，然后比對過濾，這是所有NGS數(shù)據(jù)處理的上游分析。 ATAC-Seq與其他方法不同的一點是需要過濾去除線粒體（如...
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