TCGA數(shù)據(jù)分析 (1) : 如何從TCGA下載數(shù)據(jù)TCGA數(shù)據(jù)分析 (2)：如何從TCGA檢索數(shù)據(jù)TCGA數(shù)據(jù)分析 (3)：RNA-seq表達(dá)...
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TCGA數(shù)據(jù)分析（4）
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TCGA數(shù)據(jù)分析（3）
由于下載的TCGA數(shù)據(jù)，都是獨(dú)立文件夾。即每個(gè)樣本，一個(gè)文件夾，文件夾下是壓縮數(shù)據(jù)，還需要將所有的數(shù)據(jù)進(jìn)行解壓，然后將所有的數(shù)據(jù)進(jìn)行合并，并提取...
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TCGA數(shù)據(jù)分析（1）對(duì)TCGA數(shù)據(jù)分析之前已經(jīng)介紹過一次，這里把之前的內(nèi)容整理下。TCGA分析大致可分為以下：1.數(shù)據(jù)檢索與下載2.metadata.json文件解...
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snakemake分析雙端測(cè)序的RNA-seq數(shù)據(jù)
上一次講述了如何利用snakemake進(jìn)行RNA-seq分析流程的構(gòu)建：RNAseq分析流程：從測(cè)序Rawdata到Count輸出，但是只針對(duì)單...
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對(duì)miRNAs靶基因進(jìn)行批量預(yù)測(cè)
1.提取miRNAs 2. 由starbase API數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行下載(10s檢索完成） 3.將所有的miRNA靶基因進(jìn)行合并整理 每個(gè)文件都有這...
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對(duì)298個(gè)lncRNAs進(jìn)行miRNAs的預(yù)測(cè)
1.提取這298個(gè)lncRNAs的symbol 2. 由starbase API數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行下載 不到一分鐘將全部lncRNA可能結(jié)合的miRNA...
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利用ascp由ftp.ncbi下載測(cè)序數(shù)據(jù)
找數(shù)據(jù) 首先在NCBI FTP網(wǎng)站上找到自己需要的數(shù)據(jù)https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/...
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conda環(huán)境變量設(shè)置與轉(zhuǎn)移
參考文章：https://www.cnblogs.com/liaohuiqiang/p/9380417.html 本文的初衷是對(duì)之前建立的sna...
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RNA-seq匯總（分析+工具+GATK流程）RNA-seq分析流程 不得不提的一篇文獻(xiàn)Sahraeian, Sayed Mohammad Ebrahim, et al. "Gaining ...
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6 GATK4完整流程
0定義變量 1 標(biāo)記PCR重復(fù)reads 運(yùn)行結(jié)束后的文件如下 2 FixMateInformation 這樣就得到marked_fixed.b...
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