一人默默學習inferCNV的時候，你或許需要看看別人的運行記錄，這里我提供一份完整記錄。 1. 代碼 2.過程 INFO [2021-03-1...
投稿
收錄了21篇文章 · 23人關(guān)注
-
infercnv運行測試2---這個只有15步就完成了
-
單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：可視化套件單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類 單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：PAGA軌跡推斷 單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析||...
-
pySCENICpySCENIC is a lightning-fast python implementation of the SCENIC pipelin...
-
SCENIC運行SCENIC官網(wǎng)教程 SCENIC運行的數(shù)據(jù)準備 需要表達矩陣和細胞信息兩個文件。 1.包的下載 2. 評分數(shù)據(jù)庫的下載 手動下載兩個文件，然后...
-
使用SCENIC分析singlecell-RNAseq實戰(zhàn)演練SCENIC全稱：Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering實戰(zhàn)之前需要準備...
-
SCENIC
安裝相關(guān)： 在服務(wù)器上安裝SCopeLoomR時，輸入如下 devtools::install_github("aertslab/SCopeLo...
-
單細胞數(shù)據(jù)（scRNAseq）可以做GSEA嗎？單細胞測序數(shù)據(jù)也可以做gsea，步驟跟用RNAseq的數(shù)據(jù)差不多，主要是要用到差異基因并且根據(jù)Fold change來排序。 選擇自己數(shù)據(jù)的物種...
-
單細胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--再說Seurat上期我們講了使用Seurat分析單個樣本，那么2個或多個樣本的分析會有哪些不同呢？單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中一個重要的問題就在于批次效應(yīng)，任何一個試驗步...
-
單細胞測序分析: Seurat V3聯(lián)合harmony進行單細胞數(shù)據(jù)整合分析#R包導入 #數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)下載pbmc_stim 數(shù)據(jù)導入 #初始化Seurat 對象 使用Harmony之前，需要構(gòu)建一個Seurat對象， 進...
-
scRNA-使用sctransform去除批次效應(yīng)劉小澤寫于19.10.10上一次介紹了使用Seurat 的merge函數(shù)來合并4個樣本（各有2個生物學重復）的8組數(shù)據(jù)，但是merge只是將原始...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1901141/6.jpg', '推薦專題《scRNA-seq：轉(zhuǎn)錄組+VDJ 分析》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/a95b5b10a8ad?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認gb2312'));){kind=link}