GATK官方給出了從RNA-seq數(shù)據(jù)中尋找變異位點(diǎn)的流程，但這個(gè)示意圖比較簡(jiǎn)潔，實(shí)際操作時(shí)一不小心就會(huì)報(bào)錯(cuò)，故經(jīng)過(guò)探索，記錄下這個(gè)流程的細(xì)節(jié)以...
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使用GATK從RNA-seq數(shù)據(jù)中call variants -
bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比對(duì)bwa bowtie salmon 直接從fastq到達(dá)特異性表達(dá)矩陣 subread 備注：需要對(duì)應(yīng)建索引的軟件版本，版本不同會(huì)報(bào)錯(cuò)！ his...
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RNA-seq(1) :用conda安裝RNA-seq所需要的工具
寫(xiě)在前面: 來(lái)自生信技能樹(shù)《生信必修課之軟件安裝》學(xué)會(huì)用包管理工具安裝軟件 普通安裝和配置，請(qǐng)看這篇Linux下bowtie2安裝(非conda...
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一個(gè)植物轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目的實(shí)戰(zhàn)（轉(zhuǎn)載）其實(shí)這個(gè)植物是擬南芥，所以跟人類(lèi)研究的數(shù)據(jù)處理大同小異。 轉(zhuǎn)錄組 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有 RNA 的總...
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