植物基因組重測(cè)序除了GATK的方法進(jìn)行變異檢測(cè)以外，還有samtools+bcftools去進(jìn)行變異檢測(cè)。在這里我們不去分析哪一種分析方法好，使...
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植物重測(cè)序---變異檢測(cè)（samtools+bcftools篇）
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GATK Best Practices for RNA-Seq前言 GATK是由Broad institute開發(fā)的用于變異檢測(cè)(例如: SNP, Indel等)高通量測(cè)序數(shù)據(jù). 目前GATK已經(jīng)被廣泛應(yīng)用...
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比對(duì)軟件BWA(Burrows-Wheeler Aligner)
BWA[http://bio-bwa.sourceforge.net/] (Burrows-Wheeler Aligner) BWA主要是將re...
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Samtools和Bcftools
Samtools和Bcftools簡(jiǎn)介 SAMtools是一個(gè)用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有許多命令。BCFtools主要是用來(lái)操...
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關(guān)于GATK分析RNA-seq數(shù)據(jù)的一點(diǎn)建議——原創(chuàng)：雷萬(wàn)鈞 問(wèn)題起因： 首先，我在做RNA-seq數(shù)據(jù)分析Mutaion的時(shí)候發(fā)現(xiàn)一個(gè)問(wèn)題： 在查看某個(gè)樣本的突變信息發(fā)現(xiàn)，沒(méi)有被檢出，但...
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GATK入門的最佳姿勢(shì)
GATK，全稱是Genome Anlysis Toolkit，顧名思義，是一套用于分析基因組的工具箱。主要功能是尋找變異位點(diǎn)和基因分型，但是實(shí)際...
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初識(shí)GATK1.什么是GATK GATK是Genome Analysis Toolkit的縮寫，是用來(lái)處理高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的一套軟件。最初，GATK被設(shè)計(jì)用來(lái)...
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用conda下載安裝gatk3.8并注冊(cè)
現(xiàn)在gatk已經(jīng)更新到gatk4了，但是gatk3.8還是有很多應(yīng)用的場(chǎng)景，比如指定多線程，并且有些功能在gatk4里找不到（也可能是我道行淺）...
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BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令會(huì)不一致。一定要用對(duì)應(yīng)的版本。 需要登錄google賬戶 GATK3的下載地址[https://console.cloud....
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