# 安裝 ## 編譯 ## 或者使用conda 上面從源碼編譯的方法太慢，或訪問github網(wǎng)絡(luò)不穩(wěn)定情況下，可以使用conda； ## 檢查安...
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star: 比對(duì)RNA-seq到參考基因組獲取剪切事件
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salmon：從RNA-seq數(shù)據(jù)中定量轉(zhuǎn)錄本
Salmon 主要用于從RNA-seq數(shù)據(jù)中計(jì)算轉(zhuǎn)錄本的豐度。 # 安裝 # 基于Salmon分析RNAseq數(shù)據(jù) ## 獲取轉(zhuǎn)錄組和建立索引 ...
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ChIPpeakAnno 注釋peak# 1. 初步使用 運(yùn)行下面幾行代碼，初步了解ChIPpeakAnno使用 # 2. 詳細(xì)使用例子 ChIPpeakAnno使用GRanges ...
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GFF或GTF格式轉(zhuǎn)bed
# 1. gff2bed和gtf2bed[#1-%E8%BF%99%E6%98%AF%E4%B8%80%E7%BA%A7%E6%A0%87%E9...
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encode eclip 數(shù)據(jù)分析流程
# 準(zhǔn)備： 測(cè)序數(shù)據(jù)：fastq格式；RBFOX2 HepG2測(cè)序數(shù)據(jù) - RBFOX2[https://s3-us-west-1.amazon...
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pyBigWig處理bigwig
pyBigWig[https://github.com/deeptools/pyBigWig]是用C編寫的調(diào)用libBigWig庫(kù)的python...
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bw-python處理bigwig
bw-python[https://github.com/brentp/bw-python]是一個(gè)包裝了 Devon Ryan's bigwig...
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libBigWig處理bigwig
libBigWig[https://github.com/dpryan79/libBigWig]是一個(gè)用于讀取/解析bigWig和bigBed文...
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Seurat分析10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)本教程使用Seurat包進(jìn)行10x Visium單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析。 這個(gè)教程涉及： 標(biāo)準(zhǔn)化 降維和聚類 檢測(cè)空間差異表達(dá)基因 交互可視化...
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Seurat分析Slide-seq空間轉(zhuǎn)錄組此教程是使用Seurat分析 Slide-seq v2[https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020...
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