在命令行中運(yùn)行R腳本，可以使用Rscript practice.R的方式，其中practice.R是我們希望運(yùn)行的腳本。在Linux和Unix系...
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代碼書寫01--argparse命令行參數(shù)解析 -
ATAC-seq分析：Annotating Peaks（9）1. 注釋開放區(qū)域 將已識(shí)別的無(wú)核小體區(qū)域與基因組特征（如基因和增強(qiáng)子）相關(guān)聯(lián)通常很有趣。 一旦注釋到基因或增強(qiáng)子的基因，我們就可以開始將 AT...
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ATAC-seq分析：比對(duì)后處理（4）1. 結(jié)果處理 現(xiàn)在我們已經(jīng)處理了 Greenleaf ATACseq 雙端數(shù)據(jù)，我們可以開始處理比對(duì)。 首先，我們將確定 ATACseq 數(shù)據(jù)...
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單細(xì)胞之軌跡分析-7：Seurat+scVelo軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] ...
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差異甲基化分析R包methylkit、DSS和dmrseq的比較
前言 首先，對(duì)3個(gè)R包進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。methylkit：用于高通量亞硫酸氫鹽測(cè)序的DNA甲基化分析和注釋的R包。該包的目的是處理RRBS以及WG...
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RRBS Bismark methylKit0.質(zhì)控 1.建立亞硫酸鹽基因組index 2. 比對(duì) 輸出結(jié)果有兩個(gè)重要文件，一個(gè)bismark_bt2_PE_report.txt，一個(gè)bi...
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Bismark 進(jìn)行 WGBS 比對(duì)在《WGBS 全基因組甲基化測(cè)序》)講解了 WGBS 測(cè)序原理，簡(jiǎn)而言之是 BS 處理將未甲基化 C 轉(zhuǎn)化為 U(T) 而甲基化的 C 不變，從...
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使用bismark進(jìn)行甲基化分析并使用IGV對(duì)結(jié)果進(jìn)行可視化Bismark是進(jìn)行甲基化分析過(guò)程中常用到的軟件，可以將bisulfite處理后的測(cè)序reads比對(duì)到參考基因組上，得到參考基因組相應(yīng)位置的甲基...
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Bismark軟件使用入門
作者：馬可菠蘿 童蒙編輯：angelica 一、甲基化文庫(kù)建庫(kù)原理 借助重亞硫酸鹽（Bisulfite）轉(zhuǎn)換的方法被認(rèn)為是金標(biāo)準(zhǔn)，該化學(xué)試劑會(huì)將...
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Seurat常規(guī)聚類和SCTransform腳本匯總2022-05-26
前沿 單細(xì)胞常規(guī)分析用得最多的軟件非R語(yǔ)言的Seurat包莫屬，當(dāng)然還有Python語(yǔ)言的Scanpy，但是對(duì)于入門者來(lái)說(shuō)，R語(yǔ)言更容易上手，而...
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