參考之前的文章 hic分析之 hic-pro 介紹與安裝 分步工作原理： 先看test文件 再看看opt文件 工作原理介紹： 1.Reads ...
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hic分析之分步工作原理 -
【三維基因組】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step2【Juicer loop】HiCCUPS HiCCUPS call loop的算法如上。 用法如下：hiccups [-m matrixSize...
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【三維基因組】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step1Juicer Tools 簡介以及前期處理 Juicer 軟件分析流程以及幾大模塊,如下圖所示： JUICER主要分為三個模塊 JUICER T...
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數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) | Jupyter notebook + Higlass 實(shí)現(xiàn) Hi-C數(shù)據(jù)可視化參考資料：https://docs-python.higlass.io/[https://docs-python.higlass.io/]htt...
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Hi-C分析練習(xí)（從cool文件到可視化熱圖）在上一篇筆記里，介紹了如何從fastq文件得到.cool文件（.mcool）（Hi-C分析練習(xí)（從fastq文件到contact矩陣）），現(xiàn)在就...
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【三維基因組】TAD分析軟件—InsulationScoreInsulation Score是由dekker實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的，軟件路徑（https://github.com/dekkerlab/cworld-...
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【三維基因組】ABCompartment分析軟件ABcompartment和TAD主要采用cworld 軟件進(jìn)行分析。 Cworld 軟件架構(gòu)如下： Cworld軟件安裝 https://gi...
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數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) | Hi-C數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)化Raw contact to .hic → juicer_tools 軟件地址：https://github.com/aidenlab/jui...
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Juicer:Hi-C數(shù)據(jù)處理分析（一）參考： [1]. Durand, N.C., et al., Juicer Provides a One-Click System for...
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Hi-C技術(shù)的初步了解最近的一次組會上看到實(shí)驗(yàn)室的同學(xué)匯報(bào)的結(jié)果里有Hi-C的圖，所以我就悄咪咪的去了解了一下Hi-C技術(shù)的原理。整理一下。 Q1: Hi-C的全稱是...
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