背景 雙親高度雜合(親本由多個單體型構(gòu)成)的分離群體利用常規(guī)的BSA分析方法往往結(jié)果并不理想,因為在混池中有多等位基因的干擾。OcBSA就通過解...
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背景 雙親高度雜合(親本由多個單體型構(gòu)成)的分離群體利用常規(guī)的BSA分析方法往往結(jié)果并不理想,因為在混池中有多等位基因的干擾。OcBSA就通過解...
前言 我在猶豫是否補充一篇怎樣拆分染色體進行比對和變異檢測(主要是為了提高比對和變異檢測效率)的帖子。開始沒有規(guī)劃這篇內(nèi)容的原因有兩點:一是內(nèi)容...
本篇內(nèi)容根據(jù)官方說明文檔撰寫,軟件操作十分簡單,所以內(nèi)容不再特別詳細的介紹。 DeepBSA是一種用于解析復(fù)雜性狀的創(chuàng)新Bulked Segre...
本文中vcf文件的獲取主要是使用gatk的HaplotypeCaller模塊,該模塊的原理大概如下: 定義active regions 沿著參考...
拿到質(zhì)控后的數(shù)據(jù)就可以開始進行數(shù)據(jù)的比對了。(這里復(fù)習(xí)一下)需要確定好參考基因組,參考基因組選擇標準:質(zhì)量高、完整、和某一親本相近(是親本之一的...
關(guān)鍵詞:BSA分析,測序數(shù)據(jù)質(zhì)控,F(xiàn)astQC,Trimmomatic,去接頭序列 數(shù)據(jù)格式 一定要先搞清楚數(shù)據(jù)的格式,才能進行進一步的數(shù)據(jù)整理...
關(guān)鍵詞:BSA分析,群體構(gòu)建,性狀選擇,測序數(shù)據(jù)性狀選擇、群體構(gòu)建、測序數(shù)據(jù)以及參考基因組是BSA分析結(jié)果成功的關(guān)鍵。所以在準備進行BSA分析之...
背景及原理 BSA(Bulk Segregation Analysis)最早是由Michelmore等人(Michelmore et al., ...