背景 雙親高度雜合（親本由多個單體型構(gòu)成）的分離群體利用常規(guī)的BSA分析方法往往結(jié)果并不理想，因為在混池中有多等位基因的干擾。OcBSA就通過解...
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BSA分析（八）——OcBSA -
BSA分析（六）——QTLseqr包前言 我在猶豫是否補充一篇怎樣拆分染色體進行比對和變異檢測（主要是為了提高比對和變異檢測效率）的帖子。開始沒有規(guī)劃這篇內(nèi)容的原因有兩點：一是內(nèi)容...
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BSA分析（七）——DeepBSA本篇內(nèi)容根據(jù)官方說明文檔撰寫，軟件操作十分簡單，所以內(nèi)容不再特別詳細的介紹。 DeepBSA是一種用于解析復(fù)雜性狀的創(chuàng)新Bulked Segre...
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BSA分析（五）——變異檢測及樣本合并
本文中vcf文件的獲取主要是使用gatk的HaplotypeCaller模塊，該模塊的原理大概如下： 定義active regions 沿著參考...
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BSA分析（四）——序列比對及比對信息統(tǒng)計
拿到質(zhì)控后的數(shù)據(jù)就可以開始進行數(shù)據(jù)的比對了。（這里復(fù)習(xí)一下）需要確定好參考基因組，參考基因組選擇標準：質(zhì)量高、完整、和某一親本相近（是親本之一的...
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BSA分析（三）——測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控關(guān)鍵詞：BSA分析，測序數(shù)據(jù)質(zhì)控，F(xiàn)astQC，Trimmomatic，去接頭序列 數(shù)據(jù)格式 一定要先搞清楚數(shù)據(jù)的格式，才能進行進一步的數(shù)據(jù)整理...
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BSA分析（二）——分析準備工作關(guān)鍵詞：BSA分析，群體構(gòu)建，性狀選擇，測序數(shù)據(jù)性狀選擇、群體構(gòu)建、測序數(shù)據(jù)以及參考基因組是BSA分析結(jié)果成功的關(guān)鍵。所以在準備進行BSA分析之...
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BSA分析（一）——原理及發(fā)展史背景及原理 BSA（Bulk Segregation Analysis）最早是由Michelmore等人（Michelmore et al., ...
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