劉小澤寫于18.7.18表型與基因型相關(guān)聯(lián)（基因定位）是遺傳學(xué)上的重要問(wèn)題。 什么是重測(cè)序Resequencing？ 我們使用的基因組是怎么來(lái)的...
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重測(cè)序之BSA -
以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（上篇）BSA雖然不是我最早接觸的高通量數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目（最早的是RNA-seq），但是卻是我最早獨(dú)立開(kāi)展的數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目， 我曾經(jīng)專門寫過(guò)一篇文章介紹如何使...
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2. BSA的原理BSA（Bulked Segregant Analysis），集群分離分析或分離群體分組分析法。兩個(gè)特點(diǎn)：1. 混池2. 性狀分離所以，BSA可...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（中篇）下游分析 下游分析可能是比較成熟化的流程分析，對(duì)服務(wù)器的要求比較高一些，下游分析則是對(duì)背景知識(shí)要求高一些，例如VCF的格式，遺傳學(xué)的三大定律等。...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進(jìn)行遺傳定位（下篇）
接著上一篇留下的問(wèn)題，如何按照以1M為窗口，每次移動(dòng)10Kb計(jì)算均值。我們以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位點(diǎn)...
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使用QTLseqr進(jìn)行BSA-seq分析QTLseqr是一個(gè)用于BSA-seq的R包，它能夠讀取GATK輸出結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾，最終使用SNP-index和G 統(tǒng)計(jì)值的方法進(jìn)行定位。我們這次...
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