一、ScaleData()簡介 單細胞基因表達counts矩陣數(shù)據(jù)經過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進行scale標準化。S...
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seurat-ScaleData()源碼解析 -
單細胞數(shù)據(jù)處理小細節(jié)匯總1. Seurat對象查看當前的Assay 在進行了SCTransform操作后，矩陣默認會變成SCT矩陣，如果不加設置，后續(xù)的PCA等操作都是...
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如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉換】2022-07-27
適用背景 在單細胞分析中，必要的一步是對每個細胞進行注釋，這相當于給每個細胞打個標簽，或者說起個別名，這些信息都存在@meta.data信息里，...
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10X單細胞空間聯(lián)合分析揭示了前列腺腫瘤微環(huán)境的異質性hello，周四了，這是第399篇文章，不知不覺中，已經寫了很多了，但是前進的腳步是不能停止的，感覺自己要進入下一個階段了，因為不能僅僅局限于分...
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添加p-value和顯著性標記：ggsignif和ggpubr在數(shù)據(jù)分析過程中，常常需要把組間的顯著性添加到圖形中，但是在ggplot2中實現(xiàn)起來略顯麻煩，幸運的是，有很多R包可以幫助我們實現(xiàn)這一操作，比如...
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10X單細胞分析揭示了肺癌抗 PD-1 治療過程中前體耗竭 T 細胞的克隆復蘇和擴增hello，大家好，這一篇我們來看一下張澤民新發(fā)表的文章，Temporal single-cell tracing reveals clonal...
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10X空間轉錄組利用空間位置的個性化分析小結今天領導非讓寫微信稿，其實我是不太想寫的，但是呢，官大一級壓死人，所以寫的微信稿原版分享給大家，原版是不會有廣告什么的，純粹就是給大家分享一些好...
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單細胞轉錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics要實現(xiàn)單細胞mRNA測序，需要解決2個難題：1. 一個人類細胞中，RNA總量大約只有10pg左右（1pg=10-12g），其中mRNA的量大約只...
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10X 靶向單細胞基因表達測序|| Panel文件與基本結果靶向基因表達技術主要針對在測序前直接從單細胞RNA-seq庫中富集的相關靶向基因。通過雜交捕獲特異性富集感興趣的靶向分子，使靶向基因表達能夠在顯...
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單細胞ATAC亞群分析
上一期，跟大家簡單介紹了下單細胞ATAC的背景知識點及其10x ATAC基礎數(shù)據(jù)的獲取方式[http://mp.weixin.qq.com/s?...
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