還在利用hisat, tophat這些耳熟能詳?shù)能浖ead比對到基因組（轉(zhuǎn)錄組）上，然后統(tǒng)計每個基因的count數(shù)么？試試這些不需要比對，速...
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基因表達(dá)分析（前傳）-準(zhǔn)備count矩陣
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基因表達(dá)分析（中）- 富集分析
回顧 首先對基因表達(dá)分析（上）做一個簡單的回顧 研究基因表達(dá)的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（歡迎補(bǔ)充） ...
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基因表達(dá)分析（上）- 差異表達(dá)分析基因表達(dá) 什么是基因表達(dá)，如下是來自于維基百科的解釋： 研究方法 定量PCR 這部分我不太懂，所以就放幾段百度百科和維基百科的定義。 百度百科 ...
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對到基因組上 2、StringTie 將比對好的reads進(jìn)行拼裝并預(yù)計表達(dá)水平 3、SAM to...
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StringTie參數(shù)備忘
StringTie 參考鏈接： https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=man...
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生信媛公眾號文章目錄
這資源實在太贊，情不自禁想要分享與大家一同學(xué)習(xí)。我是一個不喜歡用手機(jī)看公眾號文章的人，但與每一個生信入門者一樣急切的需要干貨資源得以入門進(jìn)階，這...
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StringTie在注釋基因組時的注意事項
在利用RNA-seq注釋基因組時，有一個問題就是，我將不同組織來源的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和參考基因組比對之后，那下一步是1）先將這三個比對結(jié)果進(jìn)行合并，然...
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RNA-seq練習(xí) 第三部分（DEseq2篩選差異表達(dá)基因,可視化）DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart) DESeq2對于輸入數(shù)據(jù)的要求1.DEseq2要求輸入數(shù)據(jù)是由整數(shù)組成的矩陣。2.DESe...
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RNA-seq(9):功能富集分析這部分開始進(jìn)行基本的富集分析，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達(dá)值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不...
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RNA-seq(10):KEGG通路可視化:gage和pathview這部分直接從上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注釋)[http://www.itdecent.cn/p/5d82acad6008]的數(shù)...
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