還在利用hisat, tophat這些耳熟能詳?shù)能浖ead比對到基因組(轉(zhuǎn)錄組)上,然后統(tǒng)計每個基因的count數(shù)么?試試這些不需要比對,速...
投稿
還在利用hisat, tophat這些耳熟能詳?shù)能浖ead比對到基因組(轉(zhuǎn)錄組)上,然后統(tǒng)計每個基因的count數(shù)么?試試這些不需要比對,速...
回顧 首先對基因表達(dá)分析(上)做一個簡單的回顧 研究基因表達(dá)的有如下工具:RNA-Seq,microarray, qRT-PCR等(歡迎補(bǔ)充) ...
基因表達(dá) 什么是基因表達(dá),如下是來自于維基百科的解釋: 研究方法 定量PCR 這部分我不太懂,所以就放幾段百度百科和維基百科的定義。 百度百科 ...
一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對到基因組上 2、StringTie 將比對好的reads進(jìn)行拼裝并預(yù)計表達(dá)水平 3、SAM to...
StringTie 參考鏈接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=man...
這資源實在太贊,情不自禁想要分享與大家一同學(xué)習(xí)。我是一個不喜歡用手機(jī)看公眾號文章的人,但與每一個生信入門者一樣急切的需要干貨資源得以入門進(jìn)階,這...
在利用RNA-seq注釋基因組時,有一個問題就是,我將不同組織來源的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和參考基因組比對之后,那下一步是1)先將這三個比對結(jié)果進(jìn)行合并,然...
DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart) DESeq2對于輸入數(shù)據(jù)的要求1.DEseq2要求輸入數(shù)據(jù)是由整數(shù)組成的矩陣。2.DESe...
這部分開始進(jìn)行基本的富集分析,兩類 A:差異基因富集分析(不需要表達(dá)值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不...
這部分直接從上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注釋)[http://www.itdecent.cn/p/5d82acad6008]的數(shù)...