原文來自這里，略編輯 摘要 簡單且高效地分析RNA測序數(shù)據(jù)的能力是Bioconductor的核心優(yōu)勢。 RNA-seq分析通常從基因水平的序列計...
投稿
收錄了104篇文章 · 19人關(guān)注
-
【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq數(shù)據(jù)分析易如反掌 -
基因表達(dá)分析（上）- 差異表達(dá)分析基因表達(dá) 什么是基因表達(dá)，如下是來自于維基百科的解釋： 研究方法 定量PCR 這部分我不太懂，所以就放幾段百度百科和維基百科的定義。 百度百科 ...
-
基因表達(dá)分析（中）- 富集分析
回顧 首先對基因表達(dá)分析（上）做一個簡單的回顧 研究基因表達(dá)的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（歡迎補(bǔ)充） ...
-
基因表達(dá)分析（前傳）-準(zhǔn)備count矩陣
還在利用hisat, tophat這些耳熟能詳?shù)能浖ead比對到基因組（轉(zhuǎn)錄組）上，然后統(tǒng)計每個基因的count數(shù)么？試試這些不需要比對，速...
-
轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達(dá)分析這個步驟推薦在R里面做，載入表達(dá)矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進(jìn)行差異分析，當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。...
-
轉(zhuǎn)錄組入門(8): 富集分析
我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因為顯著差異表達(dá)基因集，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分析。然后把表...
-
轉(zhuǎn)錄組入門（2）：讀文章拿到測序數(shù)據(jù)本系列課程學(xué)習(xí)的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA p...
-
轉(zhuǎn)錄組入門（1）：軟件準(zhǔn)備
系統(tǒng)準(zhǔn)備 windows10： Unbuntu on windows10 軟件準(zhǔn)備 我的習(xí)慣： 家目錄下創(chuàng)建src文件夾，用于存放軟件包 家目錄...
-
轉(zhuǎn)錄組入門（3）：質(zhì)量控制需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測序文件，并且用fastqc軟件測試測序文件的質(zhì)量！作業(yè)，理解測序reads...
-
轉(zhuǎn)錄組入門（4）：了解參考基因組及基因注釋轉(zhuǎn)錄組入門(4)：了解參考基因組及基因注釋在UCSC下載hg19參考基因組，我博客有詳細(xì)說明，從gencode數(shù)據(jù)庫下載基因注釋文件，并且用IG...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1844060/crop1576424010017.jpg', '推薦專題《組學(xué)分析》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/c196e426bf55?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}