一般在轉(zhuǎn)錄組或者基因表達(dá)相關(guān)的文獻(xiàn)中，末尾都會(huì)附上Accession Numbers，可以用這個(gè)編號(hào)在GEO(Gene Expression O...
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small RNA學(xué)習(xí)（一）：GEO數(shù)據(jù)下載 -
small RNA學(xué)習(xí)（八）：降解組分析1. 降解組（測(cè)序）是什么？分析原理是什么？ 在植物中，通常miRNA與靶標(biāo)序列結(jié)合緊密，在結(jié)合位點(diǎn)的第10/11位堿基處直接剪切mRNA從而調(diào)...
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small RNA學(xué)習(xí)（七）：小RNA的靶基因預(yù)測(cè)
用到的軟件是TargetFinder，軟件的具體安裝見(jiàn)：https://github.com/carringtonlab/TargetFinde...
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第6周：利用小RNA測(cè)序和降解組測(cè)序鑒定玉米雌穗發(fā)育過(guò)程中的miRNA及其靶基因1. Abstract 1.1 Background 在玉米中，低氮，低鹽，干旱脅迫下的miRNA及其靶基因研究較多，但在玉米穗子中相關(guān)研究較少...
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small RNA學(xué)習(xí)（六）：計(jì)算已知miRNA的表達(dá)量從這一篇開(kāi)始，是我重復(fù)一篇文獻(xiàn)的記錄，我在第五周文獻(xiàn)學(xué)習(xí)筆記中提到過(guò)。 1. 過(guò)濾adapter 在第二篇筆記中，我判斷接頭序列是從raw da...
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第5周：擬南芥的miRNA表達(dá)圖譜摘要 ??測(cè)了擬南芥整個(gè)生長(zhǎng)階段的來(lái)自27個(gè)不同組織或器官的小RNA。對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析之后發(fā)現(xiàn)大多數(shù)的miRNA普遍存在，然而有少數(shù)的miRN...
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第4周：大規(guī)模鑒定phasiRNA的方法原文來(lái)源：Yang K, Wen X, Sablok G. Method for the Large-Scale Identification ...
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第3周：利用大豆小RNA圖譜鑒定來(lái)自編碼基因區(qū)的phasiRNA原文來(lái)源：Arikit S , Xia R , Kakrana A , et al. An Atlas of Soybean Small RNA...
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small RNA學(xué)習(xí)（四）：鑒定&注釋產(chǎn)生小RNA的基因1. 使用ShortStack鑒定，注釋產(chǎn)生小RNA的基因 1.1 下載安裝 1.2 下載依賴(lài)的軟件（包） perl, samtools, bo...
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small RNA學(xué)習(xí)（三）：參考序列下載0. 背景知識(shí) 非編碼RNA介紹——百度詞條 miRNA的命名規(guī)則： 詳細(xì)介紹見(jiàn)https://mp.weixin.qq.com/s/SnrUB...
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