寫在前面 時(shí)間撥回去 2015年，那時(shí)我接觸生信已有一年，TBtools 開發(fā)尚在萌芽階段。那會(huì)，我寫了幾款小的軟件，包括 “blast3go”...
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點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn) | 真香！Simple GO GSEA 富集分析 ~ -
GRO-seq 分析GRO-seq 分析 第一篇就以最近做過的GRO-seq分析為例來展開吧。 GRO-seq的原理和用處 GRO-seq 全稱 Global ru...
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了解和繪制火山圖師弟：師兄，火山圖怎么得到的？我都快愁死了......師兄：你不是學(xué)過R語言嗎？師弟：道理倒是都懂，看書歸看書，但是實(shí)際應(yīng)用起來大腦就一片空白，...
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基因注釋
前情提要 搞NGS，注釋文件是我們經(jīng)常需要用到的。但是不同的實(shí)驗(yàn)室偏愛的數(shù)據(jù)庫各不相同，甚至同一個(gè)課題組的小伙伴都會(huì)選擇不同來源的數(shù)據(jù)庫。那么不...
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高通量測(cè)序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（一）：比對(duì)軟件STAR的使用high-throughput seq analysis急先鋒——STAR的使用介紹 在所有物是人非的景色里，我最中意你。 正體 這次給大家?guī)?..
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轉(zhuǎn)錄組分析 | 使用STAR進(jìn)行比對(duì)
歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)“生信小王子”！ 前幾期，小編已經(jīng)教大家完成了RNA-seq數(shù)據(jù)的質(zhì)控，下面就要正式開始轉(zhuǎn)錄組分析啦！ 通過二代測(cè)序我們可以獲...
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【原創(chuàng)】R語言實(shí)戰(zhàn)：read counts如何轉(zhuǎn)化為TPM和FPKM, TPM和FPKM相互轉(zhuǎn)化
載入數(shù)據(jù) mycounts<-read.csv("2020武漢加油.csv")head(mycounts)rownames(mycounts)<...
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NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效...
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歸納:RNA-seq去重前言 我們知道二代RNA-seq這個(gè)過程中會(huì)經(jīng)過PCR擴(kuò)增,但是PCR具有偏好性,這樣就導(dǎo)致了有點(diǎn)序列擴(kuò)增的多,有的少.在總擴(kuò)增倍數(shù)相同的基礎(chǔ)上...
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如何構(gòu)建表達(dá)矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個(gè)詞是我杜撰的，用來強(qiáng)調(diào)表達(dá)矩陣構(gòu)建過程并不簡(jiǎn)單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個(gè)技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢...
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