在STRING數(shù)據(jù)庫中提交基因，獲取PPI網(wǎng)絡(luò)是比較常規(guī)的操作，包括下游使用cytoscape進行美化和hub網(wǎng)絡(luò)的提取，但過程還是比較麻煩，本...
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STRINGdb | 交互式可視化蛋白網(wǎng)絡(luò)互作
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CBNplot：揭示富集分析中各通路的調(diào)控關(guān)系說在前面 Immugent在之前一篇推文中：CBNplot：可視化富集通路中基因的調(diào)控關(guān)系[https://mp.weixin.qq.com/s...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（六）：GO、KEGG富集分析與enrichplot超全可視化攻略本節(jié)概覽：1.獲取DEG結(jié)果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉(zhuǎn)化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進行KEGG...
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生信常用分析圖形繪制01 -- 各種類型的熱圖！有了R語言的基礎(chǔ)，以及ggplot2繪圖基礎(chǔ)，我們的生信常用分析圖形的繪制就可以提上日程了！本系列，師兄就開始帶著大家一起學(xué)習(xí)如何用R語言繪制我...
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科研新熱點——血管生成相關(guān)基因前面小編給大家分享了幾個科研中經(jīng)常用到的基因集，以及如何使用這些基因集進行相關(guān)分析。 ? m6A甲基化相關(guān)基因集[https://link.zh...
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Q：ArrayExpress包常用函數(shù)及分析？GEO數(shù)據(jù)庫對應(yīng)的R包是GEOquery，強大的ArrayExpress數(shù)據(jù)庫也有對應(yīng)的R包——ArrayExpress。可以通過其訪問Arra...
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RNA-seq分析：從軟件安裝到富集分析詳細過程
RNA-seq分析簡潔版[http://www.itdecent.cn/p/72c871663e62],用重新下載的肝癌數(shù)據(jù)[https://...
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RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學(xué)院服務(wù)器 高通量相關(guān)基礎(chǔ)知識 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是...
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GEOquery 下載 GEO 數(shù)據(jù)前言 NCBI Gene Expression Omnibus（基因表達綜合數(shù)據(jù)庫，GEO）公開了很多高通量基因組學(xué)數(shù)據(jù)集。盡管名字很好聽，但這...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細胞分析中相當重要. 功能分析的方法很...
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