一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling,以及counts矩陣的關(guān)系,本文就來梳理一下scAT...
投稿
一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling,以及counts矩陣的關(guān)系,本文就來梳理一下scAT...
寫在前面 最近在ATAC-Seq中call peaks的時候發(fā)現(xiàn)需要用到基因組的有效大?。╡ffective genome size) 方法一 ...
上一步驟(第6篇:重復(fù)樣本的處理——IDR)用IDR對重復(fù)樣本peaks的一致性進(jìn)行了評估,同時得到了merge后的一致性的peaks——sam...
寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了,相關(guān)腳本、教程也很多,但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費(fèi)時間,但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到...
最近年中匯總,會持續(xù)到6月底,我們就分享一些基礎(chǔ)知識! 我們的任務(wù)是實(shí)現(xiàn)下面這張圖 直接開始,讀取數(shù)據(jù) 開始繪制 在這里我們大功告成,完成上面圖...
這里是佳奧! 2022年的最后一天,讓我們繼續(xù)ATAC-Seq的學(xué)習(xí)! 1 計(jì)算插入片段長度 非冗余非線粒體能夠比對的fragment、比對率、...
對于ATAC文庫而言,其插入片段的長度分布有著非常典型的規(guī)律,示意如下 每200bp會存在一個峰,這個周期性波動反應(yīng)的是核小體的個數(shù)。在ATAC...
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組...
這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述,感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新:我看到一個公眾號也翻譯了這篇文章,而且正好跟我...
部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac],但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析(...