一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩陣的關(guān)系，本文就來梳理一下scAT...
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單細(xì)胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理 -
秘籍 | 計(jì)算基因組的有效大?。╡ffective genome size）
寫在前面 最近在ATAC-Seq中call peaks的時候發(fā)現(xiàn)需要用到基因組的有效大?。╡ffective genome size） 方法一 ...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker對peaks進(jìn)行注釋和可視化上一步驟（第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR）用IDR對重復(fù)樣本peaks的一致性進(jìn)行了評估，同時得到了merge后的一致性的peaks——sam...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費(fèi)時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到...
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Tracksplot的繪制（繪圖基礎(chǔ)知識）最近年中匯總，會持續(xù)到6月底，我們就分享一些基礎(chǔ)知識！ 我們的任務(wù)是實(shí)現(xiàn)下面這張圖 直接開始,讀取數(shù)據(jù) 開始繪制 在這里我們大功告成，完成上面圖...
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【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】四、計(jì)算插入片段長度，F(xiàn)RiP，IDR值與deeptools可視化這里是佳奧！ 2022年的最后一天，讓我們繼續(xù)ATAC-Seq的學(xué)習(xí)！ 1 計(jì)算插入片段長度 非冗余非線粒體能夠比對的fragment、比對率、...
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bam文件畫插入片段長度分布圖對于ATAC文庫而言，其插入片段的長度分布有著非常典型的規(guī)律，示意如下 每200bp會存在一個峰，這個周期性波動反應(yīng)的是核小體的個數(shù)。在ATAC...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組...
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ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology)這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述，感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新：我看到一個公眾號也翻譯了這篇文章，而且正好跟我...
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生信 | scATAC-Seq數(shù)據(jù)獲取（超快sra轉(zhuǎn)fq）部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac]，但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析（...
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