作者按 最近在準(zhǔn)備著換一個職業(yè)賽道，所以在做之前所有項目的回溯，遇到了最最基礎(chǔ)的SNV+Indel的流程，給別人重新講了一遍Mutect2的過濾...
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GATK4插件Mutect2參數(shù)解析 -
轉(zhuǎn)載|VCF變異統(tǒng)計及繪制染色體分布圖
VCF文件的變異分布圖，除了使用Circos圖之外，統(tǒng)計特定材料間的變異分布情況時可能會用到染色體分布圖，為了節(jié)省時間，實現(xiàn)統(tǒng)計及繪圖的自動化，...
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群體變異數(shù)據(jù)vcf文件過濾概念及使用方法
標(biāo)記過濾指標(biāo)概念 miss 缺失率，即標(biāo)記缺失的比例 一般過濾0.1或者0.2；對于簡化基因組的也有進行0.5的過濾的，看具體需求了 maf 最...
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R語言可視化（二十六）：詞云圖繪制26. 詞云圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用wordcloud2包繪制詞云圖 使用wordcloud2包繪制詞云圖 使用d3wo...
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推薦一份生物信息學(xué)、群體遺傳學(xué)入門學(xué)習(xí)的參考資料在線鏈接 https://wurmlab.github.io/genomicscourse/2016-SIB/practicals/[https...
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群體遺傳學(xué)二-PCA and structure
1.使用GCTA對群體進行PCA分析 相關(guān)結(jié)果數(shù)據(jù)見上篇簡書 2.使用admixture進行群體的structure分析
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群體遺傳分析方法：LD,FST,eQTL
LD(連鎖不平衡):計算使用plink,FST(遺傳分化指數(shù)):計算使用vcftools,可視化分為箱線圖和散點圖，單組比較使用在染色體上的散點...
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GWAS基本分析內(nèi)容之前給大家大致介紹了GWAS在臨床生信分析中的概況，包括一些基本概念，原理和注意事項（出門左手邊—>臨床生物信息學(xué)中的GWAS分析），這次具體講...
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annovar注釋除人類以外SNP
快速注釋已經(jīng)得到的vcf文件 所需文件 ref.fa gff3文件或者gtf vcf文件 簡單流程 1.建立一文件夾 2. gff3文件轉(zhuǎn)變格式...
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從fastq到群體結(jié)構(gòu)分析軟件及命令行實現(xiàn)
比對分析 bwa 排序，因為后續(xù)處理都需要按照基因組順序進行排序 進行捕獲數(shù)據(jù)的提取和統(tǒng)計 去除重復(fù)區(qū)域 統(tǒng)計深度信息 建立索引 變異檢測 ga...
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