劉小澤寫于18.10.24最近開始寫第一篇英文小論文，練練手，為將來寫英文大論文做準(zhǔn)備 目錄 1 背景 Background Types of ...
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RNA-seq數(shù)據(jù)的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 -
關(guān)鍵基因和hub基因（生物網(wǎng)絡(luò)角度）寫在前面 這篇文章仍然來自幾篇文章及自己平時(shí)的積累，主要闡述關(guān)鍵基因和hub基因。很多人誤以為hub基因就是關(guān)鍵基因，甚至有人認(rèn)為差異表達(dá)基因就...
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R語言實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)——PPI可以用網(wǎng)頁版做，但有上限2000個(gè)基因的限制。所以今天開發(fā)一下怎么用R飛一波。 1. 下載STRING數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 2. 下載Un...
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Cytoscape基礎(chǔ)教程筆記
轉(zhuǎn)自：https://www.plob.org/article/6289.html 昨天開始學(xué)用Cytoscape，其tutorial分為兩個(gè)部...
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STRING-Cytoscape以下用大量截圖展示 1.不明覺厲 The STRING database in 2017: quality-controlled protein...
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PPI分析蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（protein-protein interaction, PPI）是指兩個(gè)或兩個(gè)以上的蛋白質(zhì)分子通過非共價(jià)鍵形成蛋白質(zhì)復(fù)...
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PPI網(wǎng)絡(luò)實(shí)戰(zhàn)：String+CytoScape+MCODE插件上傳DEGs gene_list到String 調(diào)整分析參數(shù) 然后下載tsv文件 同時(shí)下載圖片 將前兩列導(dǎo)入到cytoscape 導(dǎo)入到cyto...
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轉(zhuǎn)錄組分析——如何尋找差異基因中的中樞基因（hubgene）一、前言 好久沒更新過文章啦，今天我們來聊一聊怎么找hubgene。 二、常見的尋找hubgene方法 我們?nèi)绻芯恳粋€(gè)疾病，通常會(huì)做一個(gè)疾病...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（二）蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析在上一篇文章《GEO數(shù)據(jù)挖掘：（一）尋找共同差異基因》中我們通過兩個(gè)實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)尋找到了一些差異基因，本篇文章將對(duì)這些差異基因的互作關(guān)系進(jìn)行簡單的...
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