Hifiasm 使用教程 介紹 Hifiasm 是一個快速的單倍型解析 de novo 組裝軟件，最初設(shè)計用于 PacBio HiFi 讀取。其...
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入門Hifiasm?這一篇就夠了 -
單細胞smart-seq2建庫原理應用單細胞測序技術(shù)研究科學問題越來越普遍，當下應用最火熱的是10X Genomics公司的解決方案，但是在某些特殊或者少量細胞樣本的單細胞轉(zhuǎn)錄組...
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三代變異檢測操作說明-DeepVariant
作者：Charon審稿：童蒙編輯：amethyst 眾所周知，三代測序的單堿基測序錯誤率遠遠高于二代測序，PB的單堿基錯誤率有10-15%，而O...
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Pacbio 三代全長轉(zhuǎn)錄組IsoSeq3數(shù)據(jù)分析pacbio三代全長轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析isoseq31 參考官方文檔及其他教程，包括原理、流程等 2 軟件安裝主要參考pbbiocondapbbio...
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【R語言編程】---利用三代測序繪制菌群聚類熱圖與物種豐度圖前言：仍然是三代測序數(shù)據(jù)的分析，宏基因組的文章中經(jīng)常出現(xiàn)聚類熱圖和物種豐度圖，用來直觀地識別與某些疾病或者表型相關(guān)的菌群構(gòu)成。 1.讀取數(shù)據(jù)一共...
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【生信知識】---Nanopore測序分析軟件nanopolish
前言：nanopolish是開源的綜合性分析軟件，集成了非常多的三代測序數(shù)據(jù)分析小工具。 1.軟件安裝：通過Github源碼安裝： 或者，通過c...
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【生信知識】---MinION納米孔測序技術(shù)詳解前言：第三代測序技術(shù)正在逐漸成熟。目前的測序讀長可達150kbp左右。Nanopore公司的MinION測序儀，優(yōu)勢在于測序讀長長，測序速度快，...
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【軟件安裝】---MinION-based pipeline---ONTrack安裝日志前言：ONT，即Oxford Nanopore Technologies，劃時代的納米孔測序技術(shù)。ONTrack是一個用來分析MinION測序數(shù)...
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【生信知識】---第四代測序技術(shù)的生信軟件匯總
1 堿基識別工具Metrichor是ONT公司推出的基于隱馬爾可夫模型進行堿基識別的軟件。它的使用需要網(wǎng)絡(luò)連接。MinION注冊用戶需要獲得開發(fā)...
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【生信知識】---Nanopore測序的SV Calling流程搭建！
1.軟件安裝安裝序列比對軟件LAST 安裝sam格式處理工具sambamba 安裝bedtools 安裝結(jié)構(gòu)變異識別軟件NanoSV 2.數(shù)據(jù)測...
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