跟著官網(wǎng)[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]學(xué)習(xí)CUT&Tag數(shù)據(jù)分析，參考：pro...
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1.CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（1） -
Cut&Tag數(shù)據(jù)分析流程（一）
寫在開頭：在表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域，染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）是研究蛋白質(zhì)（轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾等）與染色質(zhì)相互作用的傳統(tǒng)方法，可以分析特定蛋白在整個基...
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【ChIP-seq 實戰(zhàn)】二、軟件安裝和公共數(shù)據(jù)下載這里是佳奧！ 到了數(shù)據(jù)下載這一步，之前我都是在NCBI上直接用瀏覽器下載，不過有的數(shù)據(jù)尋找鏈接比較耗時，這一次開始我就使用sratoolkit來...
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ChIP-seq基礎(chǔ)入門理解ChIP-Seq 到了目前這個水平，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個技術(shù)的目的和意義。 ...
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deeptools系列02-plotCorrelation（樣本相關(guān)性分析和可視化工具）一、deeptoolsplotCorrelation詳細(xì)介紹 官網(wǎng)說明書——deeptools plotCorrlation[https://d...
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如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù)如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) 總體介紹 deeptools是基于Python開發(fā)的一套工具，用于處理諸如RNA-seq, ChIP-...
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ChIP-seq實踐（非轉(zhuǎn)錄因子，非組蛋白）在實戰(zhàn)之前，首先對CHIP-seq分析做一些了解，以下是從各個地方copy過來綜合起來的，有些散亂，是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識點(diǎn)。chip-...
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Chip-Seq 分析過程二全文分析流程學(xué)習(xí)按照：九月學(xué)徒ChIP-seq學(xué)習(xí)成果展 一、 怎么將SAR文件轉(zhuǎn)為fastq文件？ 1. 【方法】利用軟件sratoolki...
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Chip-seq 數(shù)據(jù)分析流程從GEO下載數(shù)據(jù) 下載地址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE12142...
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CHIPseq流程1. 環(huán)境配置 2. 數(shù)據(jù)下載 (1)prefetch下載 首先找到要下載的數(shù)據(jù)（SRR...號）創(chuàng)建project文件夾 利用chipseq環(huán)...
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