基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成，得到配套的基因組和注釋文件之后，可以利用gffread軟件提取對應(yīng)的gene的cds，pep序列。應(yīng)運而生...
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「基因組」基因組分析之鑒定基因類型 -
一起學畫圖：氣泡圖—常用于富集分析
公眾號原文點我[https://mp.weixin.qq.com/s/sVWseQoyxL5tEM5PDf-iuQ] Part 1 ：氣泡圖 氣...
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建細菌進化樹的策略前面寫了16S rDNA進化樹[http://www.itdecent.cn/p/1738195eb1aa]。關(guān)于細菌基因組水平，下面記錄這篇...
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mcmctree估算物種分歧時間基因序列中的密碼子隨著時間的推移以幾乎恒定的比例進行替換，具有恒定的演化速率，因此兩個物種時間的遺傳距離與物種分歧時間成正比。 本文就利用mcm...
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MCMCTree 分析中的時間單位問題——100百萬年
先見教程：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/MCMCtree.Tutorials.pdf[http:/...
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超級爽！~精細比較近源物種 / 單倍型 / 基因組的神器！寫在前面 三年前，那時往“全國植物基因組會議”投個了摘要，也準備了下墻報，有點期待能得到點認可。當然和以前一樣，優(yōu)秀跟我沒啥關(guān)系。這是結(jié)果，結(jié)果...
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基因家族擴張與收縮分析及物種進化樹構(gòu)建（下）最近剛返校，事情比較多，每天也很忙，之前寫的《基因家族擴張與收縮分析及物種進化樹構(gòu)建（上）》也一直沒來得及更新，缺少cafe輸出結(jié)果的解讀及后面...
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基因家族擴張與收縮分析及物種進化樹構(gòu)建（上）一、數(shù)據(jù)準備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...
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OrthoFinder比較基因組確定基因家族簡介OrthoFinder是用于比較基因組學的快速，準確和全面的平臺。 它查找直系群和直系同源物，推斷所有直系群的根源基因樹，并識別這些基因樹中...
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Orthofinder運行結(jié)果文件解讀OrthoFinder結(jié)果文件 運行標準OrthoFinder會產(chǎn)生一系列文件：直系同源組、直系同源、基因樹、物種樹、基因復(fù)制事件、比較基因組學...
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