AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識(shí)別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來(lái)...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度 -
scRNA-Seq | pySCENIC組織內(nèi)細(xì)胞異質(zhì)性的基礎(chǔ)是細(xì)胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的差異，轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的特異性又是由轉(zhuǎn)錄因子主導(dǎo)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（GRNs）決定并維持穩(wěn)定的。因此分析單細(xì)胞的GRN...
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不同單細(xì)胞群之間的相關(guān)性分析單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)...
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多個(gè)10x單細(xì)胞對(duì)象的合并和批次校正--seurat錨點(diǎn)整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號(hào)：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven ...
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單細(xì)胞交響樂(lè)21-實(shí)戰(zhàn)四 批量處理并整合多個(gè)10X PBMC數(shù)據(jù)劉小澤寫于2020.7.19為何取名叫“交響樂(lè)”？因?yàn)閱渭?xì)胞分析就像一個(gè)大樂(lè)團(tuán)，需要各個(gè)流程的協(xié)同配合單細(xì)胞交響樂(lè)1-常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)Single...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat-多樣本整合（淺談空間批次）單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞分析類似，不可避免的會(huì)遇到多樣本的問(wèn)題，這就需要使用多樣本整合分析策略Seurat提供了多張切片（slices）整合分析...
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scRNA-Seq | 多樣本Seurat+CCA整合一、前言 左邊的圖簡(jiǎn)單地把多個(gè)單細(xì)胞的數(shù)據(jù)合并在一起，不考慮去除批次效應(yīng)，樣本之間有明顯的分離現(xiàn)象。右邊的圖是使用算法校正批次效應(yīng)，不同的樣本基...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（七）：空間轉(zhuǎn)錄組分析第七節(jié)：空間轉(zhuǎn)錄組分析 在本節(jié)教程中，我們將學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組的一些分析方法。10X Visium平臺(tái)的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)在許多方面是類似于scRNA-...
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【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的代碼實(shí)操舊號(hào)無(wú)故被封，小號(hào)再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)資源
(1). 單細(xì)胞上游軟件cellranger：?jiǎn)渭?xì)胞上游軟件cellranger從頭說(shuō)[http://www.itdecent.cn/p/9a...
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