背景介紹 隨著癌癥基因組學(xué)的進(jìn)步，突變注釋格式（MAF）被廣泛接受并用于存儲(chǔ)檢測(cè)到的體細(xì)胞變體。 癌癥基因組圖譜項(xiàng)目對(duì)30多種不同的癌癥進(jìn)行了測(cè)...
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R包——maftools 可視化神器 -
ANNOVAR | 變異注釋【上】
一、簡(jiǎn)介 會(huì)得到一系列變異數(shù)據(jù)，這些變異數(shù)據(jù)只是告訴我們?cè)诨蚪M的某個(gè)位置發(fā)生了一段序列的改變，至于這個(gè)改變會(huì)不會(huì)影響生物學(xué)功能，我們并不清楚。...
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WGCNA:加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
加權(quán)基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA），又叫權(quán)重基因共表...
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聚類(lèi)分析：k-means和層次聚類(lèi)盡管我個(gè)人非常不喜歡人們被劃分圈子，因?yàn)檫@樣就有了歧視、偏見(jiàn)、排擠和矛盾，但“物以類(lèi)聚，人以群分”確實(shí)是一種客觀的現(xiàn)實(shí)——這其中就蘊(yùn)含著聚類(lèi)分析...
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試圖厘清熱圖相關(guān)的一些細(xì)節(jié)森嚴(yán)森語(yǔ)： 生活中很多時(shí)候我都習(xí)慣于不知所以而為之，其結(jié)果通常壞。原因在于經(jīng)常的盲目自信和偶爾不愿承認(rèn)自己的無(wú)知。 上篇推文介紹了利用Origi...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計(jì)學(xué)問(wèn)題（二）FPKM/RPKM之外的那些標(biāo)準(zhǔn)化方法目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Qua...
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轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達(dá)分析差異表達(dá)分析內(nèi)容：? 基因表達(dá)量的標(biāo)準(zhǔn)化方法及可視化? counts，RPKM，F(xiàn)PKM，TPM? PCA圖、熱圖等? 差異表達(dá)分析及可視化? ...
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RNA-seq分析簡(jiǎn)潔版前面RNA-seq分析：從軟件安裝到富集分析部分已經(jīng)把轉(zhuǎn)錄組全部流程走完了一遍，這次利用RNA-seq(2)-2:下載數(shù)據(jù)中下載的肝癌數(shù)據(jù)進(jìn)行分...
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基于RNA-seq的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析工具Methods and tools for RNA-seq-based co-expression network analysis 可以說(shuō)是非...
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差異共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)-Co-expression networks寫(xiě)在前面，這篇文章主要整理自于Gene co-expression analysis for functional classification...
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