轉(zhuǎn)自：生信技能樹這是目前發(fā)現(xiàn)不錯的ATAC系列，原作者在簡書也有更新http://www.itdecent.cn/u/d5b900bea027...
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轉(zhuǎn)載ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下圖所示。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)，結(jié)合的緊密程度是動態(tài)變化的。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時，結(jié)合變得...
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使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（四）：Merging objects
當(dāng)合并多個單細(xì)胞染色質(zhì)數(shù)據(jù)集時，我們必須注意到，如果每個數(shù)據(jù)集都是獨(dú)立的進(jìn)行peak calling，則它們得到的peaks可能不是完全一致的。...
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使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（三）：scATAC-seq data integration
在本教程中，我們將學(xué)習(xí)使用Signac包對多樣本的scATAC-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析。這里，我們對來自10x Genomics和sci-ATA...
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使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（二）：Motif analysis with Signac
在本教程中，我們將學(xué)習(xí)使用Signac包進(jìn)行DNA序列的motif富集分析。Signac包可以使用兩種互補(bǔ)的方法進(jìn)行motif分析：一種是通過在...
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使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
Signac是Seurat的一個擴(kuò)展功能R包，可以用來分析、解釋和探索單細(xì)胞染色質(zhì)數(shù)據(jù)集。目前，Signac包主要專注于分析單細(xì)胞ATAC-se...
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