A: ClueGO:破譯富集GO和通路 大多數(shù)的富集工具都是以列表和復(fù)雜等級(jí)樹(shù)顯示。Cluoego可視化歸納相似的過(guò)程或通路。主要是GO和KEG...
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Cytoscape插件6：CluoGO+Cluepedia -
Cytoscape插件5：DisGeNET(2)應(yīng)用實(shí)例1.在CTD里，哪些基因被注釋到哮喘病相關(guān) 廣泛的定義為“對(duì)于一個(gè)給定的基因集來(lái)說(shuō)，哪些基因和某疾病相關(guān)？”哮喘病是一個(gè)嚴(yán)重的慢性疾病，有時(shí)會(huì)威...
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Cytoscape插件5：DisGeNET(1)
基本功能 為了產(chǎn)生不同類型的網(wǎng)絡(luò)，DisGeNET的控制面板提供了可以調(diào)整的參數(shù)。包含三個(gè)標(biāo)簽：gene disease network, di...
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Cytoscape插件4：iRegulon對(duì)所有生物過(guò)程來(lái)說(shuō)，基因表達(dá)的精確調(diào)控對(duì)基因表達(dá)是非常重要的。序列特異性的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合在DNA 識(shí)別區(qū)域（cis調(diào)控元件），并且因此控制目標(biāo)基因...
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Cytoscape插件3：Enrichment Map(2)
材料和方法 1.微陣列數(shù)據(jù)分析 所有的微陣列表達(dá)數(shù)據(jù)下載與GEO數(shù)據(jù)庫(kù)。Raw.CEL文件用bioconductor的affy包進(jìn)行RMA。數(shù)據(jù)...
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Cytoscape插件3：Enrichment Map(1)富集分析 早期的基因列表解釋依賴于選擇一系列高得分的基因，然后建立相當(dāng)主觀奇怪的關(guān)系。富集分析是一個(gè)自動(dòng)的，基于嚴(yán)格的統(tǒng)計(jì)學(xué)的方法來(lái)分析和解釋很...
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Cytoscape插件2：CytoHubbaCytoHubba:發(fā)現(xiàn)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵目標(biāo)和子網(wǎng)絡(luò)網(wǎng)絡(luò)對(duì)呈現(xiàn)包括PPI，基因調(diào)控，細(xì)胞路徑和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等多種類型生物數(shù)據(jù)非常有用。我們//+重要性...
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cytoscape及APP(插件)使用手冊(cè)
寫在前面： 對(duì)于我們大多數(shù)來(lái)說(shuō)，用圖形或圖表更比數(shù)據(jù)本身更能說(shuō)明問(wèn)題，更容易讓人理解，并且可以賞心悅目。細(xì)胞內(nèi)部，大量的分子時(shí)刻都在發(fā)生著變化或...
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Cytoscape插件1：Centiscape
Cytoscape的插件或多或少都有一些弊端，Centiscape是目前（文章時(shí)間2009）唯一一個(gè)可以一次計(jì)算多個(gè)中心值的插件（相對(duì)于netw...
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