1.R包GEOquery進行下載整理GEO數(shù)據(jù) 根據(jù)文章找到所需的芯片信息GSE29250 得到文件 表達數(shù)據(jù)exprs<-exprs(gse[...
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GEO數(shù)據(jù)下載 -
細胞生物學重點1.細胞內(nèi)膜系統(tǒng):細胞中在結(jié)構發(fā)生和功能上有一定聯(lián)系的膜結(jié)構的總稱。 2.粗面內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的功能:信號肽介導蛋白質(zhì)的合成 蛋白質(zhì)的裝配和折疊 蛋白質(zhì)的...
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TCGA和GEO套路文章解說文章，重在研究思路。有好的思路，才能有精彩的故事。很多時候，我們想找一個好點子，比如性狀，疾病相關的關鍵分子，需要設計實驗，做大量的分子篩選的工...
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這篇基因家族分析文章憑啥發(fā)7分（new phytologist）？詳解看看有啥不一樣！
所周知，基因家族分析是一個研究思路，同時也可以自成一篇文章。不過大部分基因家族套路式文章影響因子在2-4分，但最近一篇小麥MADS-box家族文...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘系列文-生信技能樹
GEO數(shù)據(jù)挖掘系列文-第一期-膠質(zhì)母細胞瘤http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&mi...
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GEO和TCGA數(shù)據(jù)挖掘生物信息文章解讀（宮頸癌） TCGA GEO
今天我們介紹一篇稍高分數(shù)的文章，來看一下生信挖掘文章如何發(fā)更高檔次的雜志。這篇文章是利用GEO和TCGA數(shù)據(jù)挖掘?qū)m頸癌預后相關的關鍵基因，201...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（一）尋找共同差異基因在使用Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)（一）中我們使用的是芯片的原始數(shù)據(jù)（即*.cel文件）進行分析，但在大部分情況下我們是可以利用GEO...
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R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘：步驟四：富集分析KEGG,GO
1.讀取第三部存儲數(shù)據(jù)（基因差異表達情況） 2.設定閾值計算基因上調(diào)下調(diào)數(shù)量 3.ID轉(zhuǎn)換 4.得出差異基因 5. KEGG pathway a...
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R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘：步驟三：進行基因差異分析進行基因差異分析 1.讀取數(shù)據(jù) 2.檢測數(shù)據(jù) 3.為每個數(shù)據(jù)集繪制箱形圖，比較數(shù)據(jù)集中的數(shù)據(jù)分布（單一某個基因分析） 4.對某種基因在樣本中的表...
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復現(xiàn)：純R代碼實現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度最近學習了生信菜鳥團的純R代碼實現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度,想復制作者的流程，但是發(fā)現(xiàn)了幾個不一樣的地方，所以重新整理流程，代碼主要...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1811396/0049VA4Xgy6EjMeswTLc1.jpg', '推薦專題《生物信息分析》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/f026b01082a3?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認gb2312'));){kind=link}