參考：https://www.omicsclass.com/question/705 首次用hmmsearch對我的蛋白質(zhì)進(jìn)行結(jié)構(gòu)域搜索，最終只...
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【生信】HMMER：hmmbuild自建hmm文件 -
hmmsearch的報(bào)錯(cuò)方案小試最近又重新做起了進(jìn)化，這里就記錄一下的在這個(gè)過程中遇到的問題吧~這里轉(zhuǎn)述一下師弟的提問： 報(bào)錯(cuò)情景：hmmer / hmmsearch，在使用p...
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Lunix運(yùn)行腳本、任務(wù)（sh、nohup、qsub）
1 sh 產(chǎn)生日志： sh **.sh &> xx.log 不產(chǎn)生日志： sh **.sh > /dev/null 2>&1 & 2 nohup...
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SGE作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)的簡單理解
Sun網(wǎng)格引擎（Sun Grid, SGE）是一種來自于 SUN Microsystem的分布式資源管理和調(diào)度系統(tǒng)，它用來在基于UNIX的計(jì)算環(huán)...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因組范圍應(yīng)用廣泛的分子標(biāo)記，本文介紹生態(tài)基因組學(xué)中利用GATK4軟件進(jìn)行SNPs calling的流程（人的研究中可...
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piRNA reads數(shù)分析
##### -a 輸出所有multipy alignment #### bowtie2 -p 18 -a -x /media/pc/disk2/...
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做piRNA gff文件
#從miRBase下載miRNA的注釋信息 #從piRNAbank下載mouse_pir.txt #將mouse_pir.txt轉(zhuǎn)換成gtf注釋...
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sam和bam格式文件的shell小練習(xí)前期準(zhǔn)備: 統(tǒng)計(jì)共多少條reads(pair-end reads這里算一條)參與了比對參考基因組 統(tǒng)計(jì)共有多少種比對的類型(即第二列數(shù)值有多少種...
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IGV的使用IGV需要的文件：比對文件為 bam和bam.bai文件 參考基因組文件為 .fa文件 比對文件...
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通過VCF文件制作定制化的參考基因組
前言 最近做的項(xiàng)目要對reference genome基于突變進(jìn)行一些modify，制作personalized genome或者說是psued...
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