其實(shí)這一部分在前面就已經(jīng)涉及到一些,不過官網(wǎng)既然把這部分拿出來單獨(dú)作為一大塊講解,可能也是因?yàn)檫@一部分可供選擇的可視化方法有很多。對(duì)于圖片的優(yōu)化...
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其實(shí)這一部分在前面就已經(jīng)涉及到一些,不過官網(wǎng)既然把這部分拿出來單獨(dú)作為一大塊講解,可能也是因?yàn)檫@一部分可供選擇的可視化方法有很多。對(duì)于圖片的優(yōu)化...
矩陣數(shù)據(jù)提取
在之前的文章里,我主要講了如下兩個(gè)內(nèi)容:(1) 認(rèn)識(shí)Cell Hashing;(2): 使用Cell Ranger得到表達(dá)矩陣。相信大家已經(jīng)知道...
作者:ahworld鏈接:seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對(duì)象來源:微信公眾號(hào)seqyuan著作權(quán)歸作者所有,任何形式的轉(zhuǎn)載都請(qǐng)聯(lián)系作者。...
前言 作者開發(fā)Scissor的目的是結(jié)合bulk-seq的數(shù)據(jù),尋找與某一性狀顯著相關(guān)的單細(xì)胞亞群,然后從表型的角度解釋這些細(xì)胞亞群的生物學(xué)意義...
T 細(xì)胞(全部):CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK...
SCENIC官網(wǎng):https://rawcdn.githack.com/aertslab/SCENIC/701cc7cc4ac762b91479...
我們知道在研究問題時(shí),分組是很重要的,有分組才有故事可講。比如,兩塊田一塊施肥一塊不施肥,可以做比較嘛。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中用到較多的數(shù)據(jù)分組技術(shù)...
現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析,clusters/groups間的差異表達(dá)分析(differential expression analysi...
上一篇已經(jīng)講解了Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程,推文的最后,注意到了不同樣本之間的表達(dá)數(shù)據(jù)是存在批次效應(yīng)的,就像下圖這樣,有些是可以聚到一起的亞群,卻出現(xiàn)...