參考文章:http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/https://cloud.tence...
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參考文章:http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/https://cloud.tence...
1、GWAS4D 網(wǎng)址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 2、SNPnexus 網(wǎng)址:https://www....
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同,更加趨于流程化。 軟件安裝 下載GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本鏈接在:htt...
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個(gè)流程,并提供了基本的命令,用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
這是我根據(jù)之前的WGS系列和GATK4實(shí)踐文章進(jìn)行重新梳理之后確定下來的分析流程,這是一個(gè)WGS的最佳實(shí)踐,它基于GATK4和我的實(shí)際經(jīng)驗(yàn),稍作...
前期準(zhǔn)備,生成vcf格式 1.把突變記錄的vcf文件區(qū)分成 INDEL和SNP條目 2.統(tǒng)計(jì)INDEL和SNP條目的各自的平均測序深度 3.把I...
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同,更加趨于流程化。 軟件安裝 點(diǎn)擊此處 查看最新版本 GATK 簡單說明 GATK分析簡要流程 ...
SNPs marker是全基因組范圍應(yīng)用廣泛的分子標(biāo)記,本文介紹生態(tài)基因組學(xué)中利用GATK4軟件進(jìn)行SNPs calling的流程(人的研究中可...