參考文章：http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/https://cloud.tence...
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收錄了8篇文章 · 2人關(guān)注
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Annovar 注釋SNP
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SNP功能注釋常用數(shù)據(jù)庫1、GWAS4D 網(wǎng)址：http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 2、SNPnexus 網(wǎng)址：https://www....
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同，更加趨于流程化。 軟件安裝 下載GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本鏈接在：htt...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個(gè)流程，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
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GATK4全基因組數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)踐,我以這篇文章為標(biāo)志,終結(jié)當(dāng)前WGS系列數(shù)據(jù)分析的流程主體問題 | 完全代碼這是我根據(jù)之前的WGS系列和GATK4實(shí)踐文章進(jìn)行重新梳理之后確定下來的分析流程，這是一個(gè)WGS的最佳實(shí)踐，它基于GATK4和我的實(shí)際經(jīng)驗(yàn)，稍作...
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VCF格式文件的shell小練習(xí)
前期準(zhǔn)備,生成vcf格式 1.把突變記錄的vcf文件區(qū)分成 INDEL和SNP條目 2.統(tǒng)計(jì)INDEL和SNP條目的各自的平均測序深度 3.把I...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同，更加趨于流程化。 軟件安裝 點(diǎn)擊此處 查看最新版本 GATK 簡單說明 GATK分析簡要流程 ...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因組范圍應(yīng)用廣泛的分子標(biāo)記，本文介紹生態(tài)基因組學(xué)中利用GATK4軟件進(jìn)行SNPs calling的流程（人的研究中可...
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